在思想史研究领域，朱维铮有一篇探讨儒学独尊转折意义的论文，最早发表在一本非常专业的论文集中。这篇文章做得非常细致，不仅从政治上解读了西汉政治的发展，而且从思想史上评估了儒术成为官方意识形态带给中国的后果。这篇文章影响非常大，应该视为朱维铮研究中国思想史的典范之作。

走出中世纪
    朱维铮化用欧洲的说法，将秦汉之后的中国定性为“中世纪”。那么按照他的逻辑，中国在十七世纪与欧洲重新接触后所走的路，就是一个“走出中世纪”的历史过程。

    中国走出中世纪的研究，按照朱维铮的说法，很早就开始了，1949年之后的所谓“资本主义萌芽”问题的讨论，就是研究在中国生发资本主义的可能性及其途径。“资本主义萌芽的讨论”触及社会经济结构的变动，注意到了社会内部出现的新因素，这些新因素就是要脱离“中世纪”旧有轨道，有向近代迈进的冲动。

    朱维铮分析中国走出中世纪的理论框架，确实没有超出他所理解的马克思主义学说，他基本上是从生产力变动、生产关系变动这些视角观察问题，他所注入的新东西，主要是提供了一个文化史的视角。他认为，从文化史视角观察中国走出中世纪的过程，可以获得若干新的发现。比如中国文化在十七世纪之后究竟有哪些变化，这些变化与社会经济生活的变动、与西方文明又有着怎样的关系，这都是过去研究资本主义萌芽问题时无法深入探究的，只有放在文化史背景下方才有这个机会。

    朱维铮《走出中世纪》在过去二十多年先后出过正续两大本，其中收录的文章确实长短不一，风格有差异，体例也不太一致，但这两本书始终如一获得读者欢迎，朱维铮本人也格外重视，以为最能代表他的学术思想和学术理念。

    从学术史视角观察，朱维铮是当今中国极少数深入研究章太炎《訄书》及《检论》的人，他有长篇名文探讨从《訄书》到《检论》结集过程所体现的章太炎思想变迁，揭示章太炎通过两次结集营造思想体系的努力。依据这个观点分析朱维铮两部《走出中世纪》，其实也能隐约觉察到作者营造思想体系的学术野心。作者通过这两本书探讨十七世纪之后中国社会变迁，探讨满清统治者与汉人与西方传教士的多层复杂关系，探讨十七世纪之后的中国与世界，探讨传统思想学术比如孔子、王阳明在中国走出中世纪过程中的功能和意义。朱维铮在这一系列探讨中提供了许多新鲜资源和学术基础，其充满哲理的文字表述也被一代又一代青年读者追捧。

    根据朱维铮研究，中国走出中世纪的起点绝对不在1840年鸦片战争，而是应该往前追溯至利玛窦和徐光启时期。在朱维铮看来，利玛窦与徐光启是中西文明交汇时期两大伟人，特别是徐光启对西方文明的通达为中国走出中世纪提供了重要契机。所以，朱维铮稍后又致力于徐光启研究，不辞辛劳整理编辑徐光启作品集。

求索真文明
    根据朱维铮研究，中国走出中世纪是一个复杂转型过程，是中华帝国逐渐走向衰落，一个新兴国家逐渐崛起的过程。

    朱维铮在名为《求索真文明》一书中，重新探讨了从明末清初到清末民初三百年学术史，以为晚清学术确实属于明末清初中西文化发生近代意义交往以后的过程延续，它的资源，固然时时取自先秦至明清不断变异的传统，但更多是取自异域，当然是经过欧美在华传教士和明治维新后日本学者所贩卖的西方古代、近代学说。所谓“西学”，早在利玛窦、徐光启时代，中国众多学者已相当熟悉。十八世纪清廷越来越频繁的“禁教”，将西学渐渐变为潜流，但没有使其消失。即便从来不说西方学问的乾嘉诸老，其实骨子里和学问深层，都包含着西学的大量因素。

    朱维铮对清代政治及文化交流有深入广泛的研究，他当然不愿认同通行的近代史讨论框架，不愿认同清帝国是在挨打之后方才觉醒的传统判断。根据朱维铮研究，在鸦片战争之前很久，思想界一直存在“自改革”的呼吁，但清廷沉湎于自己营造的虚幻繁荣之中，不愿觉醒，不敢正视现实，只是到了乾隆帝去世，中国政治方才出现转机，各种各样的学术思想、政治理想纷纷出笼。其中有僵死的理学，有盛行南国的汉学，也有源于吴越的今文经学，当然还有蛰伏已久的西学。正是在这种思想觉醒的时刻，中国人开始探究哪些才是对未来有用的真文明，哪些问题才是中国“走出中世纪”的真问题。

重读近代史
    在朱维铮生命最后几年，其学术兴趣不知不觉转移至对中国近代史的观察上。朱维铮认真研究过章太炎、康有为、梁启超，研究过近代一大批追求富强转身向西的中国人，主持编辑过“中国近代学术名著”丛书，合作有《维新旧梦录》，近代中国重要人物与著作，朱维铮差不多都曾仔细阅读和研究，他当然有资格“重读”近代史，表达自己对这一百多年历史的看法。