朱维铮进入经学史研究的第二个管道是章太炎。他在文革晚期参与章太炎作品注释，其实真是一个难得机会。朱维铮这些功夫并没有随着文革结束而白费，相反，他在文革一结束，就和复旦另一才子姜义华合作推出《章太炎选集》。

    章太炎是中国学术史上继往开来的人物，是乾嘉汉学殿军，是古文经学重要代表。但他毕竟生活在近代转轨时代，对于西学还是下过一番功夫的，因而在揉和中西上作出了巨大贡献，对于现代中国新学术发生起到先导作用，现代中国新学术很多分支都能追溯到章太炎那里。

    然而在1949年之后，章太炎的作品渐渐成为古董，能够读懂章太炎就算很了不起。朱维铮、姜义华在1980年代初拿出令人服气的《章太炎选集》注释本，仅其简短题解、简要注释就让人佩服得五体投地。章太炎对经学史的表述与周予同传承的今文经学完全不同，于是朱维铮通过章太炎建立了一个与周予同完全不同的经学史解释体系。如果仔细阅读朱维铮《中国经学史十讲》，再去回看周予同的作品，就能看出两人在经学史上见识的差异甚至高低。

    朱维铮在研读章太炎文献的同时，又不能不用力研究章太炎学术的对立面康有为和梁启超。朱维铮为“中国现代学术经典”丛书编有康有为卷，对于康有为大量未刊散佚文稿，朱维铮也比较早地进行搜集整理，只是朱维铮受章太炎的深刻影响，不太认同康有为的人格，因而在对康有为的研究上，朱维铮实际上存在某种成见。

    相对而言，朱维铮对梁启超的观感要好些，他不止一次对梁启超的著作进行整理或校注。他编校的《梁启超论清学史二种》经过二十多年时间考验，已经积淀为“新经典”，但凡研究清代学术，需要利用梁启超这两部著作的，无不以朱维铮的整理为善本。

    通过康有为、梁启超，朱维铮对经学史、学术史，尤其是清代学术史有了一个更为全面的观察，他不仅顾及到了从顾炎武以来汉学家的学术贡献，而且跟随康有为、梁启超的描述注意到了常州学派以来今文经学究竟具有怎样的意义。正如钱穆很早就注意到的，如果只看梁启超对清学史的解读，一定会得出一偏之见，很难看到清学史全貌，所以钱穆发奋著有同类著作以弥补。现在朱维铮不仅注意到了康有为、梁启超，而且精心研读过章太炎，所以他能很敏锐地看到康梁在学术上的问题。在谈到清学史建构时，朱维铮注意到章太炎发凡，梁启超起例，钱穆叙事更精当这些事实。毫无疑问，在朱维铮的心目中，一个更合理的清学史、经学史，可能还有待于事实清理，有待于未来。

    朱维铮对经学史的见识与归纳，确实不是偏听今文或古文所能达到的。朱维铮确实有超越今古重构经学史的构思。只是由于种种原因，我们至今还没有看到他对经学史、清学史最完整的表达，没有看到他的经学史全本。

文化史和思想史
    陈守实、周予同、章太炎都是学贯古今的大师，朱维铮通过他们不仅弄清了许多学术史的问题，也重新建构了对中国历史的整体看法。朱维铮本来就对马克思主义有过独到研究，本来就不同意斯大林的社会发展五阶段说，因而他化用欧洲“中世纪”说法，将秦朝之后至明末这段一千多年的历史视为“中国的中世纪”。

    按照朱维铮的看法，古典的中国，或中世纪的中国，并不存在一个一成不变一以贯之的传统，中国的疆域在变化，传统在变化，只能在变动中去观察中国，理解中国，才能弄清古典中国的意义和真相。按照朱维铮的看法，中国传统不仅有历史时代前后不同，而且有空间上的多元。所以朱维铮有一本《音调未定的传统》，专说中国文明形成的复杂性。

    在上个世纪的文化热中，朱维铮是少数几个弄潮儿之一。他们有见于往昔数十年只谈政治不谈文化的事实，倡导对文化文明的研究，从而使学术界掀起一个文化史研究热潮。在这个热潮中，朱维铮参与创办了影响巨大的《中国文化》研究集刊，参与主持了构思宏大的“中国文化史”研究丛书，然而后来因种种原因，大约主要是朱维铮不善合作不善沟通的原因，都无疾而终，国内外学者对此深感惋惜。

    从文化上研究中国，不能不重提孔子，重提儒家，重提中国传统。在这几个方面，朱维铮都有卓越贡献。据他说，那本以蔡尚思名义出版的《孔子思想体系》就是他的手笔，这部著作的思路及行文风格确实不是蔡尚思的。这部书是五四后对孔子生平经历及思想价值的重新评估，影响巨大，不仅开启重评孔子重评儒家的先河，即便在大众传媒上，也因讨论孔子父母的婚姻问题而成为热门话题。

    朱维铮对中国哲学史、思想史格外熟悉，与国内外相关专家也有很好的互动，他个人对历代思想人物也有很深的研究，所以在1980年之后相关学术会议上总能看到他的身影，也总能听到他独具一格的言说。思想史是他的研究重点之一，但他不太认同传统思想史的表达方式，不论是过去的学案体，还是后来的章节体，在朱维铮看来，都有很多不足。但究竟应该怎样表达，《孔子思想体系》是否就是范式，相信朱维铮对此也并没有足够信心。