第四，多年来陆续发现的徐光启遗作佚文，亦补充进这次的《全集》中来。新编入《全集》的文献篇目，择其要者，有《毛诗六帖讲意》、《诗经传稿》、《徐氏庖言》、《兵机要诀》、《选练条格》、《灵言蠡勺》、《考工记解》、《农遗杂疏》、《农书草稿》等。另外还有一些新发现的文章、诗作和译文，收入在新编的《徐光启诗文集》中。
    《徐光启全集》由著名历史学者朱维铮、李天纲两先生主持。全集篇目的选定、编目的次序、编辑的体例，都由他们裁决。复旦大学历史系、宗教学系的教师、研究生参与了《徐光启全集》的具体标点整理工作。