1948年底，国民党政府将中央研究院迁往台湾，李济也就长期滞留台岛，他在台湾大学主办考古人类学系，主持系务十余年，培养了多名享誉世界的学者，1979年8月1日，李济心脏病猝发，在台北逝世。当年胡适去世的时候，李济送的挽联是从西方借过来、打破陈规旧俗的三句话：

    明天就死又何妨，

    努力做你的工，

    就像你永远不会死一样。

    李济的一生也像这三句话，他不但留下的大量珍贵遗产，包括一百二十三部恢弘的著作和严谨耐心的科学态度，而且用他的高贵气节和独立人格，激励后世的学人。