公教人员加薪问题上一波三折，使陈诚再度萌发辞职之念，王云五也愤慨万状。加薪问题上的风折，起因于美方的粗暴干涉，使这两位“行政院”正、副院长产生受人辱弄的不平感。由于公教各部门加薪呼声日高，“行政院”于1960年初决定调高公教人员待遇，并将此案提交“立法院”审议。不料美方认为不妥，以“行政院”挪用“美援”为名，屡屡向陈诚施加压力。4月14日的“行政院”院务会议上，陈诚谈及此事时说，美方责备台湾当局1961年度的预算“收支差额过巨，且绝大部分用于养人费，而非生产建设，恐因此不能获美国同情，经援及加速投资均不免受影响”。陈诚最后表示，既然是“友邦善意劝告”，他只能答应美方人士，酌情核减公教人员薪金。王云五对美方横蛮行径极其反感，他追述道：“余闻此语，愤慨万状，以此次调整待遇，经长期研究，已嫌限于财力，不克多所增进，不料案经提出立院，复予核减，难免发生重大误会，尤以消息传播，使公教人员获悉主动出自美方，反美情绪难免高涨，实非两国之福。惟事已至此，只好忍痛保密，惟对外如何措辞，煞费苦心。”在美方压力下，“行政院”被迫另行拟定一份修正案，核减原案的加薪数量。陈诚再次“掼纱帽”，不愿亲自向“立法院”解释其中原因。此后两个月，王云五多次去“立法院”说明情况，竭力为修正案辩解。但众多“立法委员”坚持公教人员薪金拨给4.6亿元的原案，反对2.8亿元的修正案。不少“立法委员”严词质问王云五：“行政院”决策的依据是民意，还是美方意志?为何美国人一开口，已经通过的议案就作废了?王云五理亏嘴软，招架不住。“立法院”于6月14日晚间作出决议，恢复“行政院”所提原案，否决“行政院”所作修正案。6月15日“行政院”商议对策。陈诚认为，“立法院”既然否决了“行政院”的预算修正案，“行政院”应该提出总辞职。王云五则倾向于接受“立法院”决议，其理由是：虽然“立法院”通过原案、驳回“行政院”修正案之举，有损于“行政院”的威望，但通过原案可缓解公教人员的不满情绪，而且“行政院”尊重“立法院”的决议，这是合乎民主政治精神的，因而“友邦”也能理解。在陈、王两种意见之间，还有一条“缓兵之计”可供采纳，即提请“立法院”复议，但“立法委员”对于加薪原案意见一致，复议不过拖延些时日，不可能改变结果。6月16日，“行政院”院务会议继续讨论此案，“外交部”部长沈昌焕力劝陈诚接受“立法院”决议，并告以美方对“立法院”的态度也“表示关切”。由于美方意识到若坚持要台湾当局接受其核减公教人员薪金的“建议”，势必引发一场反美风暴，于是转变态度，反而通过沈昌焕来规劝陈诚与“立法院”妥协。陈诚被迫再次跟着美方意见转变，于6月30日代表“行政院”表示，“完全接受立法院一律增加六成之决议”。陈诚忍气吞声地跟着美方转，根本原因是台湾要保持偏安局面，离不开美国在各方面的支撑。
　　1962年3月26日，王云五被聘为“行政院经济动员计划委员会”主任委员。该会的职能为预算计划的研讨，会中分设6组，对工业、物资、交通、人力、法制等分别进行研究，其目的是为所谓的“反攻大陆”作准备。“反攻大陆”是五、六十年代台湾政坛的口头禅。其实，台湾政界、军方许多人物心里都很明白，“反攻大陆”是根本不可能实现的，尤其在1958年金门受到中国人民解放军猛烈炮击后，国民党当局自知实力不济，在军事上由主动出击和骚扰大陆沿海地区，转变为力保金门，求取台湾偏安。“反攻大陆”高调虽然还是唱，针对大陆的破坏活动虽然还是不断的在做，但内在的底气早已不足，其真正的目的是延长“戡乱动员”时期，以此作为借口，在岛内强化专制统治，保住台湾偏安局面。身为台湾政坛的高级官员，王云五对于“两个中国”、“一中一台”的论调是坚决反对的，他信守两岸统一、一个中国的基本原则，尽管他出于传统的“正统”观念，以及他自己的政治立场，有时也说念几句“反攻大陆”的歪经，但他很了解台湾的经济和军事都很脆弱，根本不可能发动大规模的“反攻”。60年代前半期，台湾“立法院”一些不识事务的人喧闹不休，要求台湾当局马上“反攻大陆”。“行政院”院长陈诚不胜其烦，常托故避免去“立法院”面受质询。王云五以“行政院”副院长的身份去代行这份苦差使。他多次对那些“立法委员”说，“我方实力长一分，中共实力也在增长”，力劝那些“立法委员”面对现实，“从长计议”。所谓“从长计议”，也就是正视现实，不要再去作不切实际的梦想。随着台湾在国际事务中日趋孤立，国民党当局仰美国鼻息行事的屈辱状态，在在使他灰心丧气。如此受窝囊气的官，再当下去也实在没有味道了。
　　自撰年谱，留下珍贵史料。七十六岁走下政坛，无官无责一身轻。因沈志明案与雷震案连连碰壁，决意退出是非之地。