陈诚消极避让，无意过问“行政院”事务，这正是王云五担当重任的极好机会。但是，王云五对为官生涯也产生倦意，去意彷徨，又脱不了身。对于公务，他不再全力以赴，于是萌发了自撰年谱的念头。王云五写作的特点之一是，叙述评论不厌其详，大量引用文件、信函及报告速记等档案资料。他一旦决定写自撰年谱，势必投入大量精力收集整理各类资料，只能把公务放到次要的地位了。1963年1月27日，正当陈诚消极到极点，院务需要王云五全面代理之际，他却决定分出精力去搞他的自撰年谱了：
　　今日星期多暇，整理生平任事文件，突然发生自撰年谱之意。本来我因中年以前尚无写日记之习惯，抗战前数年开始写日记，迄太平洋战事发生已有九年之详尽日记存在香港，战事起香港为日人占据，亲友畏祸，一举将我所存日记，尽焚之。此中具有许多读书治事心得，心血荡然，使我灰心，遂不复写。来台后数年，始恢复，然系利用日记册，语焉不详。前数年，仅就生平经历，而手边存有资料者，按记事本末体写作，对于年谱或传记，殊无尝试之习气。今日忽然动念，当熟思之。
　　第二天，他便下决心将各种资料归类，开始自撰年谱。他以极快的速度撰写年谱，日均5000字以上，他要赶在衰老之前，为自己树碑立传，为他经历过的历史事件留下记载。10月下旬，王云五接受记者刘寿椿的采访时，谈了年谱写作动机和写作进行状况。刘寿椿在采访报道中作了如下描述：
　　今年二月开始，他的自撰年谱已写完了一百多万字。他的行文快畅，思想敏捷，在每天清晨的三个小时中，可以写万字以上的稿。他表示，这部自撰年谱敝帚自珍，将不准备出版。他说：人生百年，终归不免“寂灭”，当其死后，由人家来送挽联祭幛，胡乱歌功颂德一番，或由后人竖立一块墓志铭，以状其貌，以述其不朽，倒不如垂老之年，由自己动手，把一生的行状真实的记述起来，算一算这笔总帐，则较有意义得
多。 
　　王云五于1963年2月开始写的自撰年谱，自取其名为《岫庐自撰年谱稿》，行文较为随意，未曾出版。他后来撰写并出版的《岫庐八十自述》中，大量采用了《岫庐自撰年谱稿》中的文字。他的学生王寿南编写的《王云五先生年谱初稿》中，摘录了许多《岫庐八十自述》和《岫庐自撰年谱稿》的文字。王云五自撰年谱，为后人研究他本人，以及商务印书馆历史和台湾社会政治保存了大量珍贵文献。其作用与贡献，是他的“政绩”所无法比拟的。自撰年谱需要投入大量精力和时间，而且写作过程本身使他恢复了对自由生活的向往，于是他下定决心辞去官职，遂于1963年6月24日致书陈诚，力请辞去“行政院”副院长之职：
　　数年以来，云五虽矢志赞襄，愧鲜建树，今已行年七六，让贤让壮，万难再缓。近两月间，对兼任各事，已早为部署，陆续交代，……年度及追加预算虽稍为公分劳，实已开罪朋僚不少；现幸渐上轨道，主计与财部在公领导之下均优为之。故一旦去职，耿耿于怀者惟经济动员计划会之任，……不敢言辞。云五生性落落，从政非其所宜；卸职以后，虽仍须自食其力，甚或更形劳苦；然而讲学写作，习惯早成自然，且均出于自发，虽劳犹乐。
　　据他自述，在“行政院”5年中，多次萌生过辞职念头，早在1960年春夏之交，即调整公教人员待遇已列入年度预算，“但因美方径向兼院长表示反对，兼院长不得已勉允酌减”，“我真是悲愤满胸，除在院会即席发言表示愤慨外，返家后亟思提出辞职书”，只是为顾全大局才未提交辞呈，“其后去志仍未消除，然因陈院长健康渐弱，迭经请假，均由我依法代理，自计责无旁贷，不忍言辞”。即使在矛盾不很尖锐，心态尚属平衡时，王云五自称，对“行政院”副院长的官职也抱着“莫恋官”的心态。1960年11月8日，他仿白居易的《逍遥吟》，作《随遇吟》：
　　亦莫恋此官，亦莫厌此官。
　　此官何足恋，无力挽狂澜。
　　此官何足厌，自信非素餐。
　　无恋亦无厌，且随所遇安。
　　象王云五那样性格、脾气的人，虽说不“恋官”，屡次提辞呈，但只要上峰不照准，他照样不“素餐”地干下去。他在政坛上的诸多败笔，若除开政治立场和观点的因素不谈，与他处事认真亦不无关系。这一点他似乎一直不接受“教训”，就在他提交辞职书后不久，7月8日为“台湾省行政会议”致辞时，仍然发表“多做不错”的妙论，批评官场萎靡风气：
　　我国政界中多年流行着一段话，等于口头禅，那就是：“多做多错，少做少错，不做不错。”这种消极的精神，酿成政治上和行政上的萎靡风气，亟宜有所纠正。若干年前，我在某一集会中，主张修正如左：“多做不错，少做小错，不做大错。”