除“调整行政院及其各部会组织职掌案”，“宪法第一○八条研究报告案”，“事务管理改进案”等三案已先发交该院研办，及“统一三军阶级及现行薪给案”应暂从缓议，“建立高于高等考试之考试制度案”及“改进公务人员考绩制度案”已交考试院外，其余八十二案，兹核定如次：(一)应予优先筹划实施者三十二案，已逐案分别批示，如附表，即希遵照办理。(二)其余次要者五十案，统交该院分案酌核办理。(三)交院采行之案，应对每案采取之日期及实施办法，分别研究决定，并定限期呈报。(四)次要各案中有纯属省政府办理者，应由院转饬台湾省政府切实研究，分别拟具实施日期或如何分期实施之办法呈报。(五)前已先交该院研办之“调整行政院及其各部会组织职掌”等三案办理情形如何，希先行具报为要。 
　　蒋介石仅同意将5项建议案分别交“行政院”、“考试院”研办，1项有关军队建制和薪给的建议案“缓议”，另外82项建议案尚须发还再“筹划”，再“研究”，其实是搞拖延战术--88项改革建议案远远超出了他的改革设想，全面改革是他所无法接受的，宣布中止改革将引发众多矛盾，于是只能采用“拖为上计”了。但是假戏得真做，陈诚没有这份涵养功夫，又不屑于此道。这份苦差使便责无旁贷地由王云五担当下来。王云五当时对改革还是有点信心的。由于“行政院”没有专门机构主持改革建议案落实事宜，王云五于1959年1月5日拟定“行政院改革建议案研议小组办事简则”十条，规定“以副院长为召集人，不管部政务委员五人及秘书长、主计长为参加人，副秘书长兼任小组秘书长”，其具体任务为“研议总统发交行政院处理各建议案，拟定具体办法，与实施日期”。“行政院”院长陈诚对“办事简则”表示同意。有了“总统”的“御批”、“院长”的认可，王云五踌躇满志，对舆论界发表了“十二字真言”，即改革是“有计划，有标准，少消耗，多效能”的。
　　然而，官场积习已深，改革阻力重重，假戏真做仍然很累。又经过半年忙碌，王云五于7月12日应召赴“总统府”，以“总统府临时行政改革委员会建议各案执行情形简述”为题，作40分钟汇报：“奉交优先采择施行之三十七案”，除已交由考试院处理之两案外，“完成处理程序者只有十八案，仅占二分之一强”。王云五在汇报中耍了一个小花招，将早已交付“考试院”、“行政院”办理的5案归入另外32案，统称“三十七案”，以表明他处理优先实施案已经过半。实际上，半年多来，“研究小组”仅对15个建议案提出处理意见，不到应完成工作量的一半。王云五提出再延长半年，于年内结束这项工作。听了王云五的汇报后，蒋介石并不很介意，只是说了几句冠冕堂皇的官话：“王副院长顷所报告，均甚切实。期望于本年内完成各案处理之任务，并盼望明年以后行政院仍应有一个负责小组，督促各机关对于改革会各建议案之切实施行。”尽管蒋介石在表面上屡屡嘉勉王云五主持的改革案，实际上早已打消了全面改革的初旨，假戏也不能任其紧锣密鼓地真做下去了。于是，拖了漫长的3年多时间，“行政院”才设置“行政改革建议案检讨小组”，仍以王云五为召集人，“政务委员”、原“改革会委员”及机关首长共10余人为委员，另聘专家学者20余人为顾问，于1962年11月开始恢复改革工作，主要是“检讨”各有关建议案实施情况，并提供改进意见。该“检讨小组”工作了将近一年，于1963年10月结束。据该组统计，全部实施者仅15案，实施大部分改革建议者31案，采行半数内容者8案，少部分实施者12案，“实施有期”者9案，未实施者13案。前后历时9年的所谓行政改革至此无疾而终。建议案真正得以实施者为数甚少，而且对重要部门的触动不大。在“检讨小组”工作结束后，王云五向“总统府”提出4点个人看法：改革阻力出于本位主义；凡涉及机关裁并与人员精简的改革，阻力最强；有些改革案，表面上已经实施，但不切实；行政体系的改革，未能上下贯通一气。王云五至此好象还没有明白，他辛辛苦苦为改革弊政筹谋划策，到头来仍在当局划定的圈子里翻筋斗。
　　在“考试院”装点门面，发表改革清议。调任“行政院”，上下左右皆受牵制。年度预算屡受美国干涉，陈诚发怒连告病假，王云五凄然萌辞意。