为了这部2小时40分钟的电影，克拉克从1964年5月底开始写作，一直到12月24日圣诞节前夕交稿，从他后来的日记中我们能够了解他当时紧迫的工作状态，一直处在精神崩溃的边缘，掺杂着噩梦与失眠，他总担心写不出合适的情节。但是当年年底交稿后，库布里克欣喜若狂，他甚至对克拉克说：“我们拓展了科幻小说的边界。”小说以主人公戴维·鲍曼进入“星际之门”结束，但却没有给读者一个明确的结局。对库布里克来说，小说已经基本符合了他的预期，而对卡拉克来说，这部小说还意味着更多的东西。

    有了小说初稿，克拉克开始了他更为繁重的工作，对小说进行修改和补充。这部小说将成为电影剧本的基础。在修改过程中，库布里克否定了他之前曾经认可的某些章节。没有什么是最终定稿，因为库布里克为了满足电影拍摄也的需要，想法也不断地改变。克拉克全程参与了电影剧本的改编工作，对于库布里克来说，只要电影没有拍完，小说与剧本永远没有臻至完美，他会一直有新的想法冒出来，要求克拉克改写小说和电影剧本。1965年12月，当克拉克终于把终稿交给库布里克。库布里克打电话给克拉克，说他不喜欢里面的对话——他觉得初稿太过于啰嗦。库布里克希望这部电影更多地通过影像和声音来表现内容，而不是语言。最终，在这部长达139分钟的影片中，只留下了46分钟的对话。后来库布里克对这部电影进行了解释：“因为它本质上是一场非语言的体验，它试图更多与潜意识及感觉交流，而不是智力。我认为，那些不会用眼睛观察的人有一个共同的问题，即他们只会听，但这部影片中他们听不到什么。那些不相信他们眼睛的人不会欣赏这部电影的。”

    这本小说的出版工作一拖再拖。1966年6月份，克拉克就试图说服库布里克同意出版小说的手稿，库布里克没有同意，他希望接着修改小说，但是拍摄电影的压力使他没法再继续这样做。克拉克坚持他是小说的作者，有权利宣布小说已经完成。克拉克因为不断地修改这部小说的手稿而损失了1500万美元的佣金，这让他背负了很大的债务，压力很大。最后库布里克让步了，宣布小说定稿，但是提出了下面的条件，接下来的几周里，他还是有权修改小说，并做出记录。事已至此，克拉克满怀信心认为已经拿到了最终的修改版本，于是让经纪人安排出版事宜。1967年四月底，克拉克签订了交易合同：条件是在电影放映前出版这本书。但是库布里克还是不愿意在这个合同上签字。库布里克对完美的嗜好以及这种固执的做法完全粉碎克拉克早日结束手稿的希望，也不再寄希望于库布里克在出版合同上签字。他意识到，除非这部电影完成了制作，否则他不要想出版这本小说。可是这时，完成电影的拍摄仍然是遥遥无期。直到1968年2月，他们合作的第四个年头，电影上映前夕，小说版《2001：太空漫游》才终于出版问世。克拉克在上面题词说“献给斯坦利·库布里克”。这本书不是电影的改编，而电影也不是对这本小说的直接改编，因此库布里克用“变化中的小说”这一新的形式称呼它。

    美国电影研究专家文森特·罗布伦托曾经这样分析这部小说与电影中的不同：“这部电影主要还是一种视觉上体验；，而小说中有很多细节充满了叙述性的结构。小说可以作为读者对这部电影的向导，为他们解密其抽象和象征性的本质。对很多读者来说，它是理解巨石的意义和鲍曼星际之旅的钥匙。电影和小说互为补充，影迷们看了小说发现新的信息后会一遍又一遍地重新观看这部电影。”

    克拉克也经常说：“想要看明白电影，我给你们开个药方：先读小说，再看电影，再重复操作。”自从1968年《2001：太空漫游》出版后，它已经被重印了上百次，销售出了千万册。克拉克随后又续写了这个系列的故事：1982年出版了《2010：太空漫游》、1987年出版了《2061：太空漫游》、1997年出版了《3001：太空漫游》，他们与《2001：太空漫游》构成了一个相对完整的“太空漫游”四部曲。但是谁都知道，如果没有《2001》的成功——用克拉克的说法，电影与文学“相互激荡”的成功——这部科幻文学史与电影史上都将缺憾一部经典之作。

    库布里克同克拉克的这种奇特的合作模式创造出了他们生命中最伟大的“艺术作品”。库布里克曾经评价克拉克说：“阿瑟有一种独特的能力，能赋予一片死海以深刻的含义。他的想法创意无限，对这个世界来说多多益善。他想象力丰富，聪明睿智，知识广博，还有一种不同寻常的好奇心。这种好奇心的特质揭示出了他生命中更多的东西。”克拉克始终保持着这种对外在世界敏锐的好奇心，他总是认为在他卷轶浩繁的科幻小说里，他不是在预测未来，而仅仅是在推理。科幻小说的意义永远不在于去谈论什么一定会发生，而在于去追问什么可能发生。