“五四”的研究从1988年起步，最初王元化先生对海外一些学者将“五四”运动与义和团、“文革”相提并论不敢苟同，认为“五四”的反传统和倡导西化是天经地义的，“五四”精神必须全盘继承。直到1993年8月应邀为《杜亚泉文存》作序，详细阅读更多“五四”相关资料后检视了以往的观点；尤其在与林毓生先生有关意图伦理的通信交流中受到启发，在此基础上进行反思，认识到自己1980年代认识的片面性，指出“五四”精神要继承，但其四大缺陷（意图伦理、功利主义、激进情绪、庸俗进化论）必须克服，其“五四”反思的基点是对激进主义——也即对长期以来影响人们的“左”的思想作追根寻源式的思考。王先生认为，激进主义危害甚大，而“独立之思想，自由之精神”为“五四”之精髓，“五四”的个性解放和独立人格是应当在今天大加发扬、倡导的。

    1992年又从反思“五四”进入国家学说的探讨。其间一个重要成果是对国家学说的基本研究和阐述。触发其思考的是一篇博士论文中有关卢梭的公意和私意之论（即卢梭认为“公意只着眼于公共的利益，而众意只着眼于私自的利益”，从而必须要用公意的名义来抽空众意的聚合空间，当然遑论私意了），以及在建立国家政权中，有关人民转让全部权力给一个绝对权威，将从君主个人转化为“社会公意”。王先生警醒到这是个非常有现实意义、内涵甚深的课题，认为此说导致“公意需要化身，需要权威，需要造就出一个在政治道德上完满无缺的奇理斯马式的人物”，直率地分析受卢梭“公意说”影响后的中国政治思想界。

　　先生重温了清华大学教授张奚若30年代对卢梭《社会契约论》与众不同的看法：卢梭的民主是一种集体主义或国家主义，也就是专制主义；“五四”时代对于民主的追求仅仅停留在口号上，缺乏更深刻的探讨，所谓的启蒙没有真正进行到完整、深刻的地步，这种半截子的启蒙影响后来中国甚巨。

　　经七年时间，元化先生写出《卢梭〈社约论〉笔谈》三篇。明确指出卢梭的民主社会实为极权制度，净化公民道德则是一种乌托邦，让人民无条件服从公意。痛定思痛的他认为卢梭的民主导致极权主义，“极权主义民主早就发展，不是因为它拒绝18世纪自由主义的个人主义价值，而是因为它最初对这些价值抱着一个过于完美主义的态度……人不但要从各种限制中获得自由。所有现存的传统、既有的制度和社会安排全都要推翻重建，唯一的目的就是人的权利和自由的整体获得保障，把他从所有的依附中解放出来”。此文在海内外的影响，堪称一绝。林毓生读后说：“在他那一辈早年怀着理想和信念、为了国家民族的命运投身到革命运动中的知识分子中，用如此的精力来研究国家学说，并达到西方学术大师的水平，他是绝无仅有的。”

　　垂暮之年元化先生明言第三次反思的核心并非探讨激进主义、功利主义、意图伦理或国家学说等，这些仅仅是他思考的外围而已。真正的反思是尚未完成的有关认识论的基本观点。为何他临终还在思考自己最基本的世界观，将最后的反思聚焦在认识论的问题上，又以此作为第三次反思的重要内容？

　　吴琦幸认为，勤于思考的王元化先生最后反求诸己，将自己的认识论放到反思的层面上，包含一种启示，对于认识世界不能过于自信，须怀有一种敬畏之心和怀疑之心。有一点很明确，就是带着怀疑的眼光促使他开放境界，开始思考整个世界和人生的终极关怀，令他对现代化生产的物质无限丰富、人的消费主义欲念无穷膨胀的势头感到悲观。这种带有宗教意味的救赎式的思考是他最后给我们的思想财富。一向崇尚19世纪人文精神的王元化先生，当看到当今的物质主义、消费主义横行下的社会，亲情和友情在物欲下的淡漠，职业道德和人文底线渐趋消退，悲观笼罩着他的整个心灵。

　　一个伟大的思想者在不间断的回顾、叩问、省悟中，力求实现理论认识的深化与精神的升华。尤其是在生命垂危之际道出的济世箴言、为后学所指示的努力方向，留下了的宝贵精神遗产。

　　林其锬先生说得好：“他既具传统志士节操，又具现代优秀知识分子素质的特殊人格；……在学术上既能贯通古今，又能融汇中西，‘综核众理，发于独虑’成为当代杰出的思想家。”

　　元化先生反思的特点是：执着求真求是，从自己投身谋求国家民族进步事业以来的切身体验出发，探究中国近代以来社会政治得失成败的所以然，审视影响历史进程的社会思潮和理论主张，总结经验教训，探寻国家和人类生存发展之正途。先生一再反思的是那些影响近代知识人（尤其是自己）的思想观念、学说和理论主张，辨识其正确、谬误之所在和思想根源。