1939年9月3日，英法两国宣布与德国处于战争状态，由此开始了20世纪的第二次世界大战。德国此前吞并一部分波兰领土，感到兵力准备还不够充分，气候条件也不理想，并不急于进攻法国。法国军队也就躲在自以为是天堑的马其诺守线后面，采取守势。双方不进不退，不战不和，僵持到第二年5月，史称“可笑的战争”。

    名称虽然如此，但是对于圣埃克苏佩里的任务决不是可笑的。他由邮航班机飞行员，转为空军飞行员。作为后备役上尉军官，三十九岁，他早已超龄，不适宜驾驶军用飞机，但是他再三要求，被编入了侦察部门。德国空军虎视眈眈，法国空中侦察飞行也愈来愈危险，在短短三周内他们总共23个机组就损失了17个。

    5月17日，德国进行闪电战，机械化师长驱直入法国北部。6月17日，贝当政府向德国请求停战。22日在贡比涅签订停战协定，规定法国军队接触武器，法国五分之三领土移交给德国管理。圣埃克苏佩里复员。他说：“在希特勒统治的地方没有我的位子。”他觉得自己最好的报效祖国的方法，就是写文章获得最大量的读者，争取美国的参战。

    他取道葡萄牙在1940年的最后一天，坐船到了美国纽约。却不料看到美国人的精神状态，一如慕尼黑协定签订后的法国，绥靖主义思想浓重，舆论也相当混乱。纽约法国社团内也分为三派：维希派、戴高乐派和中间派，关系错综复杂，内斗激烈，是法国国内政治派系斗争的延伸。圣埃克苏佩里号召法国人团结一致对抗纳粹，反而受到各方的攻击与污蔑。

    那时，他的《人的大地》（在美国书名为《风沙星辰》）与美国本土作家约翰·斯坦贝克的《愤怒的葡萄》正在美国畅销，他也成为名人。当巴黎陷落，法国投降，全世界为之震惊，认为是欧洲伦理与文明的崩溃，报上赫然大字标题：法兰西已不再存在。

    美国知识界等待法国作家挺身而出，表明自己的态度，解释法国的沦亡。但是法国作家大多数保持沉默。

    圣埃克苏佩里在纽约写文章，开讲座大声疾呼，毫无效果，过着痛苦与无奈的流亡生活。他于是身居简出，写成《空军飞行员》，1942年1月在纽约出版（美国书名为《飞往阿拉斯》），叙述他1940年5月23日在北方阿拉斯上空的一次侦察飞行，从焦虑开始，最后接受牺牲而使人物升华，让世人明白敢于接受牺牲的失败孕育着日后取得胜利的种子。

    其实这与其他多次飞行侦察一样是个送死的任务，但是圣埃克苏佩里完全以一个中学生似的天真，用诙谐的比喻来描写，更增强了悲愤与无奈的心情，这在美国非常打动人心。

    《空军飞行员》的出版引起极大反响，因为美国读者已经等待很久，法国投降还是个热门的话题。一年多内在美国影响很大，连政界权威人士也纷纷发表评论，美国报刊一致赞扬是这场战争以来的第一部大作品，是毫无意义的杰作，“在失败与流亡的阴暗岁月中一部值得骄傲的法国书”。他们看到一个深层次的法国，不同于节节败退的参谋部留给世人的印象。法国人用刺刀对抗纳粹德国的坦克，“一位战士的信条，一位行动中飞行员的历史，这本书与丘吉尔的演说，是民主国家对希特勒《我的奋斗》做出最好的回答”。

    法国人对这部书的态度颇有讽刺意味。在纽约少数“超级爱国者”认为这部书是为贝当开脱。

    圣埃克苏佩里把法语稿子寄给伽利玛出版社，出版社将其送到德国当局宣传科审查，海勒（Heller）中尉删去一句“希特勒发动了这场疯狂的战争”后签字同意出版。维希政府也没有提出反对意见。在法国被占领区，文人则对其提出最严厉的批评。

    法国的作者却向德国当局告密，因为书中一位犹太裔上校，又名以色列，有一只犹太人的鹰钩鼻，大受圣埃克苏佩里的赞扬，是明显的反对德国纳粹当局的灭犹太政策，为国际犹太财阀政治集团招魂。《空军飞行员》后来遭到禁止，在戴高乐派占统治地位的北非也把它视为禁书。

    但是《空军飞行员》却在法国本土私下流传，鼓励着法国抵抗战士、游击队员和普通人的士气。