在哈佛大学攻读博士学位时，傅高义参加了人类学家弗洛伦斯·克拉克洪和心理学家约翰·施皮格尔（John Spiegel）联袂指导的一项有关家庭和心理健康的大型调查，在此基础上他完成了自己的博士论文《婚姻关系与受情绪困扰的孩子》。因此，一开始傅高义日本之行的目的不过是想将这项研究扩大到不同的人种学背景中去。不过，在快要完成在日本的田野工作之时，傅高义开始对自己似无新意的研究产生了倦怠之感。相反，在东京市郊真间町（学名M町）的田野研究的过程中，他开始意识到“在大公司或政府机构工作的工薪雇员（salary man）家庭和小农场主或独立商人家庭之间倒存在较大的差异”， 而家庭模式上的差异与更广泛的教育和社会问题之间有着千丝万缕的联系。这样一来，原先有关家庭与儿童心理健康的议题被后来的日本新中产阶级即工薪族的议题所取代。

    收集完田野资料返回美国的傅高义最初是到耶鲁大学任教的，然而不久之后他就找到了重返哈佛的机会。进入1960年代，因为麦卡锡主义在政治上逐渐失势，而美国人也清晰地意识到社会主义中国将作为一个重要的对手长期存在，曾作为“危险领域”的中国研究又重新被提上议事日程。此时，在福特基金会等机构的支持下，哈佛、哥伦比亚、华盛顿、加州大学伯克利分校、斯坦福以及康奈尔等大学的中国研究如火如荼；而“战后在美国几乎是单枪匹马地创造了当代中国研究”  的费正清也再一次慧眼识珠，使得傅高义1961年有机会以博士后研究员的身份返回哈佛，而他的社会学背景也开始成为费正清等人实现将传统汉学改造成当代中国研究的契机。

    进入哈佛东亚研究中心的傅高义一面跟着赵元任的女儿赵如兰学习汉语，跟着费正清等人学习中国历史、政治与文化，一面利用在日本收集的田野资料撰写《日本新中产阶级：东京郊区的工薪族和他们的家庭》（2013年出版的第三版去掉了副标题，名为《日本新中产阶级》）。1963年，几乎在这本著作出版的同时，已经起了中文名并留任哈佛的傅高义动身前往香港，研究1949年后中国的政治、社会与文化。尽管当时的美国弥漫着冷战的氛围，主流意识形态视中国为对手，但傅高义及一批年轻的中国研究学者在费正清的影响下却对中国抱以同情的态度，用他的话来说：“尽管美国是冷战的领导者，美国的中国观察家们却不属于激愤的冷战斗士之列”。 作为地域研究的中国研究是冷战的产物，但大多数研究者了解与研究中国的目的却是为了中美间的交流而不是对抗。

    如果说上述立场决定了傅高义对中国研究的态度，那么社会学的训练则使他脱离了关注中国之命运一类的宏大叙事，转而研究离香港较近因而能够获得相对丰富的文献和口述资料的广东。在香港除了约谈访谈对象（多数是来自广东的移民或偷渡客）外，他开始系统阅读《广州日报》《羊城晚报》，一年后回到美国后还继续阅读哈佛大学购买的1949年后完整的《南方日报》。“土改”、社会主义工商业改造、大跃进和人民公社，几乎所有1949年后发生的历史事件及与其相关的一系列政策的出台和变化都引发了傅高义的高度关注。1969年，在“文化大革命”达到顶峰之际，《共产主义下的广州：一个省会的规划与政治（1949-1968）》出版。至此，傅高义成为全美能够同时驾驭中日两种文化并因此能够洞悉整个东亚局势的不二人选，他将费正清和日本研究专家赖肖尔（Edwin Reischauer，一译赖世和）开创的哈佛东亚研究传统近乎完美地继承下来。

    在费正清的影响下，傅高义成为中美关系变化的积极推动者。他参加了冷战期间建立的致力于改善中美关系的美中关系全国委员会（National Committee United States-China Relations）的工作，并和费正清一道为先前的哈佛同仁基辛格出谋划策。1972年尼克松访问中国之后，中美关系获得实质性改善，傅高义也有了机会进入自己研究了多年的中国大陆。1973年，傅高义跟随美国国家科学院资助的代表团访问中国，从此之后，访问中国成为他的日常生活和研究的一部分。也是在这一年，43岁的傅高义接替退休的费正清出掌哈佛大学东亚研究中心，不久中心更名为费正清东亚研究中心。