《考异》还是研究司马光及其助手的考史方法和治史态度的最好依据。《考异》对于史料的考订形成了一套完备的体系，其中运用了诸如推历、反证、推理、溯源、常识判断、文字校订、存疑等方法，对史料进行严格精确的审核，以辨析真伪，决定弃取。有时为了辨正一条史料，引书多至十数种，并综合运用多种方法进行考证。这对于考察和借鉴司马光甄别史料的方法和特点，有着极大的帮助。司马光编纂《考异》的宗旨，是要“参考群书，评其同异，俾归一涂”，“使读者晓然于记载之得失是非，而不复有所歧惑”，以免后世学人在研读《通鉴》时，把司马光舍弃的材料再用作纠正《通鉴》不足的根据。但是司马光敢于自创《考异》一体，“既著采摭所自，又明去取之由”，正反映了他治史的严谨态度和坦荡胸怀，充分自信对史料的考订精审可靠，故不惧后人利用《考异》的材料来订正自己的错误，或者说这正是他的意图。惟其如此，《考异》与《通鉴》并行九百多年，虽有人指出过司马光取材考证的某些不足，但《通鉴》作为一部既取材宏富又事实详核的信史而享誉后世，《考异》之功实不可没。

  《考异》考订史料的诸多方法，对后世史学的发展影响深远。

  譬如司马光非常重视史书源流的考察，并由此确定史料的真伪与取舍。南北朝时期，南北分裂，政权兴替频仍，因此，这一时期多部纪传体正史并存，既有断朝为史的《宋书》、《齐书》、《梁书》、《陈书》、《魏书》、《北齐书》、《周书》、《隋书》等八书，又有通代为史的《南史》、《北史》。司马光对南北二史评价颇高：“叙事简径，比于南北正史（指八书），无烦冗芜秽之辞。”然而就史源言，李延寿根据八书纂成二史，故当八书与二史抵牾时，《通鉴》往往多取八书而少采二史。又如《考异》指出《唐懿宗实录》、《新唐书》因误读林恩《补国史》，而错载段文楚“更改旧制”的时间，也是通过考察三书的史料渊源，既辨明史事真伪，又厘清致误之由。对于同样记述五代前蜀、后蜀史事的张图片与句延庆两部《锦里耆旧传》，司马光虽对张《传》评价不高，却也肯定其“叙事甚详，苟无此书，则仁厚功业悉沉没矣”。而“句延庆《耆旧传》止于钞改张《传》为之”，史料源于张《传》，却又胡乱改移年岁，故对句《传》不甚引取。二十世纪三四十年代，史学大师陈垣先生在北京大学、辅仁大学创设史源学实习（又名清代史学考证法）课程，以《廿二史札记》、《鲒埼亭集》、《日知录》等清代典籍为读本，教授学生“追寻其史源，考证其讹误，以练习读史之能力，儆惕著论之轻心”，陈垣先生注重史源以考证史事，无疑是受到司马光《考异》的影响。

  年岁月日的确定，是记载历史不可或缺的元素，编年体史书尤其如此。根据气朔闰月与干支纪年、纪日等方法推定年岁月日，是考订历史时间的有效方法。《考异》开篇第一条，即运用推历法据北宋刘羲叟《长历》考订战国纪年，指出《汉书·律历志》与《史记·鲁世家》集解引皇甫谧所纪“岁次皆合”，而《史记·六国年表》则“差缪，难可尽据”。至于根据历史上的朔闰结合干支纪日法考证史籍记载的日月舛误，《考异》中更是多见。司马光还将《长历》的气朔闰月载入《通鉴目录》。一九二五年，陈垣先生创制《二十史朔闰表》，其中汉代至五代的朔闰，即依据《通鉴目录》所载刘氏《长历》。这是对前代史学家运用推历法考证历史时间的发展，成为历史年代学的经典之作，为治史者不可或缺之工具书。

  上世纪三十年代，陈垣先生在《元典章校补释例》中归纳出“校法四例”，对校、本校、他校、理校，俨然成为校勘古籍的四种基本方法。夷考其实，这些方法正是司马光考订鉴别史料的常用法，亦可称之为对证、本证、他证、理证法。

  对证是以同书的不同版本对勘，以查找诸本之异同，纠正记载的讹误。《考异》征引班固《汉书》，就使用了《汉书》、《汉书》旧本、两浙钱王写本《汉书》三种版本。对于韩愈等修撰的《唐顺宗实录》，更参考了七个版本，其中“五本略而二本详”，《考异》引用时“以详、略为别”。

  本证乃是以同书的相关部分互证，抉摘异同，订正谬误。其运用在《考异》中俯拾皆是，特别是纪传体正史，如以《史记》的本纪、世家、表、志、传记相勘，《晋书》的本纪、传记与载记互证等等。

  他证则比他校的范围宽泛得多。他校法，是以他书校本书，主要指其书有采自前人者，可以后人之书校之；其史料有为同时之书所并载者，可以同时之书校之。而《考异》中，凡一史事有多种记载，皆可以诸书互证，考订真伪。不仅纪传体正史之间，《史记》与《汉书》、《后汉书》与《三国志》、八书与二史、《隋书》与新旧《唐书》、新旧《唐书》与新旧《五代史》等可以相互订正；纪传史与编年史之间，《汉书》与《汉纪》、《后汉书》与《后汉纪》、新旧《唐书》与《唐实录》等亦可参据考证；甚至文集奏议、谱录行状、墓志碑铭、地理小说、政书类书等，皆可援据以订正史书之记载。