孔祥熙虽然没有在孙中山的政府中就职，但他还是接受孙中山的命令，在北方活动于军阀阎锡山、张作霖、冯玉祥等人之间。１９２４年１月，孔祥熙将孙中山手书《建国大纲》拿给冯玉祥看，使冯“对革命建国的憧憬，益加具体化，而信心益加坚强”。当年４月，孙中山在广州大本营手书全文，“为庆龄贤妻玩索”。宋庆龄对这份“民国开创之宝典”至为珍爱，称之“实为施行三民主义、五权宪法之基础，而图国家长治久安之至道也”。
    １９２４年１０月，受《建国大纲》影响，冯玉祥发动“北京政变”，电邀孙中山北上共商国是。不幸的是，积劳成疾的孙中山到达北京时，已病入膏肓。因为孔祥熙是宋庆龄的姐夫、孙中山的连襟，北京协和医院医生在治疗无望后，致函孔祥熙转孙中山家族暨国民党党员诸君，“孙中山先生之生存为无望矣”。１９２５年２月１８日，孙中山便在宋庆龄、孔祥熙等人的护送下，移居铁狮子胡同行辕养病，由宋庆龄、孔祥熙等轮流看护。２月２４日，孙中山病危，在宋庆龄的同意下，众人公举孔祥熙和汪精卫、孙科、宋子文４人，请孙中山立下遗嘱。孙中山闻听宋庆龄哀哭，为安慰她，当下没有签字。３月１１日，孙中山再度病危，由宋庆龄帮助在遗嘱上签字，在场的孔祥熙等人成为“总理遗嘱”的见证人。在办理孙中山丧事时，孔祥熙领治丧处事务股，主办治丧事宜。期间，他曾负责迎接来华赠送孙中山水晶棺的苏联政府专员，并代表家属致谢。之后，孔祥熙又留在北京年余，负责守灵。
    宋庆龄在最哀伤的时刻，得到了孔祥熙等亲人极大的帮助和无微不至的关怀，这令她感到无比宽慰。但即使在这一时刻，政见的分歧就已经流露了出来。多年以后，宋庆龄对好友爱泼斯坦说：“孔祥熙和孙科听了许多朋友的话，曾坚持要在协和医院小教堂举行一次基督教追思礼拜，藉以证明孙中山不是一个布尔什维克。”“由于家庭中其他成员的坚持，确实在医院教堂里举行了一次礼拜，但其他的更大范围的悼念都是非宗教性的。”
（二）    孙中山去世后不久，国民党右派阵营的势力抬头，党内许多人很快便背离了孙中山“新三民主义”的革命原则和“联俄、联共、扶助农工”的革命政策，这其中也包括孔祥熙。面对狂风恶浪，宋庆龄决心坚决捍卫孙中山的革命遗训。
    １９２６年，北伐战争节节胜利。善于看准时机的孔祥熙在当年冬天由海外归国，直奔国民政府首府广州，担任中央政治会议广东分会委员，并就任广东省财政厅长，兼代财政部长。１９２７年１月，国民政府迁都武汉。３月，孔祥熙被武汉国民政府任命为实业部长。然而，孔祥熙在广州宣誓就职后，并没有紧随宋庆龄等人赴武汉，而是于当月底赶赴上海，投靠手握军事大权的蒋介石。４月１日，孔祥熙夫妇在自己的私宅宴请蒋介石和汪精卫，让蒋汪于觥筹交错之间“商谈合作”。为促成宁汉合流，孔祥熙积极奔走于“宁、汉、沪、粤、晋、豫间”，“苦心疏解，历时数月，极尽调护斡旋之力”。他不仅以姐夫兼蒋介石信使的身份特地到汉口劝宋庆龄回沪，还同夫人宋霭龄合作，把宋子文从宋庆龄的身边拉走。
    孔祥熙夫妇看准了“总司令”蒋介石，在为宁汉合流立下了汗马功劳之后，他们又积极撮合蒋介石和宋美龄的婚事，令宋庆龄愤愤不已。在孔祥熙夫妇的积极活动下，宋家完全倒向了蒋介石的一边。宋庆龄曾伤心地说：“他们最看重的是安全，蒋比我能给他们更多的安全。”
    出走欧美各国的宋庆龄曾于１９２９年短暂回国，参加孙中山的奉安大典。这一次，孔祥熙是中国国民党总理奉安迎梓指挥，兼总理奉安委员会办公处总干事。与前次不同，宋庆龄此时的心情除了悲哀还是悲哀，并没有因为亲人的陪伴而有所改变。在移灵过程中，“她使自己站立的位置离开别人、甚至她的家属，坚持完成这长时间的、令人难以忍受的仪式”。
    １９３１年，宋庆龄的母亲倪桂珍在青岛病逝。孔祥熙立即致电正流亡柏林的宋庆龄，告知噩耗。回国奔丧的宋庆龄因为国内的特殊形势，决定不再流亡，定居国内。自此，宋庆龄为了国家前途和民族利益，与孔祥熙等人最终因政治立场的对立而分道扬镳。
（三）    抗日战争期间，是宋庆龄生平最为辉煌的时期，也是孔祥熙一生中的黄金期。为支援抗战、争取民主，宋庆龄组织进步团体，不仅领导并参与了不少声势浩大的民主活动，而且积极争取外援，开展大量救济福利工作；宋子文因与蒋介石之间矛盾激化而辞职后，孔祥熙于１９３３年１０月，继任行政院副院长兼财政部长，又兼中央银行总裁，还曾于１９３８年至１９４０年间升任行政院院长。任职期间，孔祥熙深得蒋介石的嘉许。他去世后，蒋在手撰的祭文“孔庸之先生事略”中称赞他当时“综理庶政，竭虑殚精，……以工商建设，培厚国家资源，以财政统一，奠定国家基业”。孔祥熙管理的国库极大地支助了蒋介石打内战，但也为中国人民的抗日战争奠定了一定的物质基础。