１９３６年初，随着国内形势的日益恶化，蒋介石也开始有意与共产党谈判。负责传递信息的董健吾从宋庆龄处得到了一张由孔祥熙签署的财政部委员委任状作为“护身符”。９月，潘汉年作为同国民党当局谈判的中共代表来到上海，他向宋庆龄转交了毛泽东的致函。在信中，毛泽东托宋庆龄介绍一些与她比较接近的国民党要员与潘汉年谈判，在他所列举的名单中，孔祥熙位居第二。
    １９３６年１２月１２日“西安事变”爆发，当夜张学良致电孔祥熙解释兵谏动机。孔祥熙得讯后，当即报告宋美龄，并偕同其连夜进京。孔祥熙认为就国家前途而言，救蒋是唯一的选择。同时，他在考虑中自然会想到蒋亡则孔、宋家族的利益会连带受损。孔祥熙四处活动，打探英、美、苏、日等各国对事变的态度。“孔祥熙曾请宋庆龄公开谴责西安的叛变并要求释放蒋介石”。宋庆龄回答孔祥熙道：“张学良做得对。要是我处在他的地位，我也会这样做。甚至还会走得更远!”宋庆龄虽然痛恨蒋介石，但从大局考虑，她还是主张和平解决西安事变。她通知中共代表潘汉年赴南京与国民党谈判，还曾拟就了主张和平解决西安事变的声明准备发表。
    １９３７年“七七”事变爆发，抗日战争全面展开。蒋介石被迫放弃“攘外必先安内”的反动政策，与中国共产党合作，一致抗日。欣闻此讯，宋庆龄感动得几乎落泪。国共再次合作，与家人久已疏远的宋庆龄也重新与他们聚首，并利用家族关系开展抗日救亡活动。１９３７年底，国际友人路易·艾黎和埃德加·斯诺夫妇建议在中国开展生产自救的工业合作运动（以下简称“工合”）。宋庆龄表示愿意作发起工合运动的保证人，“百分之百地支持”这一事业。她还让宋子文出面协助，让宋霭龄、宋美龄说服孔祥熙从财政上给予支持。孔祥熙起初并不积极，但迫于宋美龄和宋霭龄的压力，只得从财政部拨款，支持工合运动。１９３８年８月，“中国工业合作协会”总会在汉口成立，孔祥熙任理事会理事长，并任命艾黎为技术顾问。
    １９４０年３月３１日，宋氏三姐妹联袂从香港来到重庆。这是宋庆龄首次访问战时陪都，在蒋介石夫妇宴请宋庆龄之后，孔祥熙夫妇也于４月１５日在嘉陵宾馆作东道主宴请宋庆龄。在重庆，宋庆龄住在孔家，但她还是觉得在香港自己家自由。她说，她要回香港去做更有益的事情，“不是像这里那样，当展品”。宋庆龄于５月９日飞返香港，而没有像宋美龄希望的那样，在重庆长住。
    １９４１年１月，“皖南事变”发生，宋庆龄领导的《保卫中国同盟新闻通讯》第一个著文，向海外披露事变真相。宋子文因此而宣布辞去“保卫中国同盟”会长职，宋庆龄与家人的关系因为政治原因再次陷入僵局。年底，太平洋战争爆发，香港沦陷。宋庆龄第二次到重庆，又住进了孔家。这一次，宋庆龄不再像上次“当展品”时深受欢迎，她的处境十分艰难。在孔家，宋庆龄不仅不能见客，“连其住房内都借口房子不够，有人同住监视”。不管这是谁的主意，但作为房子的主人，孔祥熙允许这样的事情发生，无疑是帮凶。不久，宋庆龄便搬到宋子文给她另外安排的新居中。
    在重庆，宋庆龄不久便恢复了“保卫中国同盟”的工作，继续为共产党领导下的游击区军民争取国际援助，与蒋介石唱对台戏。孔祥熙很为宋庆龄担心，对她说：“你要是老这样说话，他们把你抓起来怎么办?”宋庆龄当然不会因此而退却。结果，蒋介石没有敢对宋庆龄怎么样，而为蒋介石效犬马之劳的孔祥熙却被蒋一脚踢开了。由于孔氏家族的丑闻不断败露，加之国民党内部党争激烈，蒋介石迫于压力不再包容孔祥熙。于是，孔祥熙在抗战胜利前夕，于１９４４年１１月至次年７月间，被迫连续辞去行政院副院长、财政部长和中央银行总裁三大要职，从国民党政府的政坛上退下来。
    孔祥熙迅速地结束了他的黄金期，原本门庭若市的上海寓所逐渐归于平静。宋庆龄在抗战胜利以后也回到了上海，在继续为解放区争取援助的同时，在上海积极开创儿童救济福利事业。１９４６年１０月１２日，宋庆龄领导中国福利基金会开办的第一儿童阅览室在余姚路正式开幕。时任中国银行董事长的孔祥熙应宋庆龄之邀参加了开幕式，并拍照留念。“哈哈孔”慈祥地和宋庆龄一起坐在孩子们中间。虽然就阶级立场而言，　两人绝不可能坐到一起，但是孔祥熙还是乐意接受宋庆龄的请求，为姨妹进行儿童救济福利工作提供经济资助。１９４７年秋，孔祥熙离沪赴美，之后再未回过大陆。