这种一开始的整体不久就不复存在了。为了能够获得独立的地位，在疾病和病人之间真正起到中间人的作用，科学必须脱下疾病来自神圣的起源的伪装，把牺牲、祭台和祈祷这些宗教观视为完全多余的东西消灭掉。医生起先站在祭司一边，不久便与他对着干了——这是恩培多克勒带来的悲剧——医生通过让病痛从超自然中回到平常的自然事件中，运用外界的药草、浆汁和矿砂这些物质，企图借助于尘世的方法排除病人心中的困扰。祭司的职权限于做礼拜而不必治疗病人，医生则放弃对病人施加精神上的影响，放弃祭台和魔法。这两种潮流分别沿着各自的道路流淌。随着医学和先前的整体做出了伟大的决裂，医学的所有元素迅即获得了完全崭新的脱胎换骨的含义。尤其是“疾病”这一总的精神现象，被分门别类，划分为许许多多单独的疾病。所以，从某种意义上说，它们的存在与人的精神个性分隔开了。现在，疾病涉及的不再是整个人，而仅仅是他身上的某个器官了(魏尔啸在罗马会议上说：“所谓的全身性疾病是没有的，但器官疾病和细胞疾病只会越来越多”)。这样一来，医生最初的使命自然就发生了变化，他坚持不懈地与疾病是整体的观念作斗争，他又回到了原本就不多的任务上：根据病因确定每种病痛的位置，然后将它归入早已分门别类和描述过的疾病种类中。只要医生正确地诊断病痛，说出病名，那么他最主要的工作差不多已经完成了，治疗采用的自然就是为这个“病例”预先指定的治疗方法。现代医学彻底脱离了宗教和魔法，它是一种已被研究得非常透彻的知识，按照业务上的准确无误而不是个人的预感工作；如果现代医学仍然喜欢诗意地自诩为“医术”，那么这个高贵的词汇也顶多夹杂一些工艺美术的含义罢了。因为医学早已不再像从前那样，要求对它的追随者们进行祭司式的精心挑选，要求涌现神秘莫测的先知人物，要求与大自然万能的威力保持超乎寻常的一致：天职成了职业，魔法成了系统，治疗的秘密成了药物学和器官科学。进行治疗不是作为魂灵的仪式，作为不可思议的事件，而是作为医生一种纯粹的、几近通过计算算出的理智行为。学识取代了冲动，教科书取代了上帝，取代了神秘而富有创造性的祭司咒语。古老的魔术般的治疗法要求医生的精神必须处于高度紧张状态，而新型的临床诊断方法要求医生的却恰好相反，就是说，他的精神要在绝对心平气和的情况下发出自由自在的闪光点。
    这种治疗过程必然地走向客观化和专业化，但在19世纪走得有点儿过头了：因为在治疗者和被治疗者之间出现了第三者插足：器械，一个毫无灵魂的东西。在诊断中，天才医生原本那种明察秋毫的、创造性地概括症状的目光变得越来越可有可无了：显微镜为他发现了细菌性病菌，测量仪替他检测血管搏动和血循环，X光照片为他节省了直观检查。在诊疗术中，实验室愈来愈剥夺了本属于医生职业知识的工作，而在治疗时，化工厂又替他尽心尽职：分配药物的剂量，一个一个地整装待发；中世纪的医生们却必须根据各自的具体情况，将药物亲自混合、测定和计算。这种技术优势尽管后来曾经迷失过方向，最终还是成功地闯进了医学，它将治疗过程具体地化成了一张图表——细致入微和加以表格化：过去是将疾病视为不寻常的东西侵入了人体，现在渐渐地，它恰好又成了与人类原始时期相反的事儿，它大多成了“平常”而又“典型”的病例，它的时间可以预先测定，它的过程机械化了，它的实例可以理性地计算。在医院这些人类不幸的大型百货商场内，处理各种各样的疾病完全就像在那些商业企业里一样，按照专门的科室配备自己的生产科长；医生同样也被分派好了，他们是流水线上作业的工人，从一张床奔向另一张床，检查单个的“病例”，却始终仅仅检查有病的器官，病人的痛苦在增加，医生却大多没有时间往他们的脸上瞧上一眼。医疗保险机构和诊所的庞大组织为灵魂和个性的丧失起到了推波助澜的作用：一家过热的大众企业应时而生，医生和病人之间内心交流的火花连哪怕点燃一次的时间都没有，心与心之间磁石般的神秘力量连哪怕闪动一次也变得愈来愈不可能。相反，家庭医生作为古生代和太古时代的生物已不复存在。家庭医生是惟一了解病人的人，不仅了解他的身体状况、体质及其变化，而且也了解他的家庭以及他的某些生物制约性。家庭医生介于祭司和卫生员之间，是带有某些古老的二元性的最后一个人。然而时间把他从滚动的流水线上推了下去。他就像出租马车之于汽车一样，违背了专业化、系统化的规律。他因为太过人性，无法适应先进的医学技术了。