其次，书院倡导并形成了独特的学风。书院反对为科举而学，强调人格培养，主张张扬独立的人文精神；反对死守章句陈说，提倡学术创新，创造百家争鸣自由的学术风气；兼收各家之长，提倡开门办学，形成尊重学术、尊重知识的良好风气；建立融洽的师生关系，提倡尊师爱生的院风。在封建专制权力不断强化并压制个性发展的时期，这些独特的学风如混沌之中的一股清新之气，使埋头于古籍的学子保持了健康的心理和向上的精神。这种学风，即便在今天也值得我们借鉴的。
　　书院作为儒家士人接受教育、研究学问之所，创办者总是择清僻之所，选优美之地，将其建在幽雅宁静的名胜地，如借一角庐山的鹿洞书院，取一脉湘江的岳麓书院，揽田园风光之胜的尼山书院，得道观清玄之气的嵩阳书院等。幽僻的环境，利于戒躁戒欲，潜心研读；优美的风景，有助于陶冶情操，启迪心智；壮美秀丽的名山奇川，更直接孕育着士子们胸怀天下、视国运为己任的宏伟志向……今天，纵观历代书院遗址，多数是名胜之地或重要历史文物，受到人们的景仰。
　　书院建造之初，就严格地遵循纲常礼教秩序。这一秩序体现在书院建筑上。书院的总体布局都有贯穿于整个建筑群的中轴线，各个殿堂厅房所居的位置，甚至各建筑的体积装修等，都必须服从于这一秩序，使师生置身在浓重的儒家伦常的观念和秩序中。现存的书院遗址的主体建筑和布局，无一不是这种观念秩序的体现。但儒家人格又有超脱的一面，这也体现在书院建筑的特点上。很多书院建在山上水边，又有很多书院借山借水建有园林。园林中的布局则是轻松活泼、自然多变。规正和活泼相对，伦理与自然相融，从书院的建筑中，能看到儒家“礼”“乐”相和的特点，看到儒家士人对“进”“退”的人生态度。
　　岁月流逝，沧海桑田，清光绪二十七年（1902）后，全国省府州县书院纷纷改为学堂，也有少数改为图书馆、纪念馆等文化机构。曾经在历史上鼎盛辉煌过的书院最终又成了历史。但这个在中国教育文化中发挥过举足轻重作用的书院成了一种文化象征，有志于复兴儒学和弘扬传统的学者，仍热衷于兴办书院。20世纪30年代的梁漱溟、熊十力于四川创勉仁书院，50年代钱穆在香港创新亚书院，都可视作是中国书院在近、现代的延续。同时，作为中国历史上的一种文化现象，书院现在仍是一门独立的研究学科，人们从它的起源、发展、兴衰中探究中国古代教育组织形式的结构，探究儒家学术思想发展的轨迹，探究教育培养人才的道路。作为一种文化遗存，它更是中华悠久发达的文化教育历史的见证。从存世的书院中，可看到中国由来已久的重教重文的传统的遗痕，看到历代鸿儒毕其一生培养人才的奉献精神，看到书院对中华民族文化血脉延续的功绩，看到书院所形成的教育制度、学术风气、治学态度、人文精神对我们的昨天所产生过和对我们的明天仍将产生的久远的影响。