一是如何看待市场和政府的关系。新结构经济学提出了“有效市场，有为政府”的观点和理论，认为在坚持市场对资源配置起决定性作用的同时，应充分发挥政府的积极作用，以弥补市场的缺陷和失灵。对于政府在经济发展中应该扮演什么样的角色，国内经济学家之间存在重大分歧。不少经济学家认为，政府的作用就是英国古典经济学家亚当?斯密所说的“创造给人自由的环境、法治，包括产权制度的保证”，仅限于此。而林毅夫则认为，除此之外，政府还应在提供基础设施、公共服务等方面担当重要角色，在为符合比较优势的产业变成竞争优势方面发挥重要作用。其提出的政府“增长甄别和因势利导”的六个步骤，便是发展中国家政府可有为之处。

    二是如何看待发展中国家的“后发优势”。新结构经济学认为，经济发展的本质是基于劳动生产力水平不断提高的技术不断创新和产业不断升级，发展中国家可以利用与发达国家的技术和产业水平的差距所形成的“后发优势”来加速经济发展。而对于那些过去违反比较优势、采取赶超战略的发展中国家，在改革的过程中，对那些资本密集、在竞争市场中缺乏自生能力的大型国有企业，可以双轨渐进的方式来实现转型。质疑新结构经济学的经济学家则采用杨小凯的“后发劣势”说，来反对“后发优势”说，认为如果发展中国家不先模仿西方国家进行宪政体制改革，仅在经济领域进行改革，虽然前期的发展速度会快一些，但长期来看会导致问题丛生，经济陷于困境。这些经济学家一般都用中国当前经济生活中出现的腐败问题和收入差距拉大现象来作为论据。对此，林毅夫认为，新结构经济学在强调发挥“后发优势”来加速发展经济的同时，也强调在经济发展过程中要创造条件，审时度势，推进制度改革，把旧体制中的各种扭曲消除掉，以建立完善、有效的市场。至于是不是因为没有进行西方式的宪政改革就必然会导致腐败和收入分配差距拉大，林毅夫引用世界银行的研究告诉我们，这些问题在前苏联、东欧等先行开展宪政改革的国家同样存在，甚至更加严重。他举例说，在这些国家，为了避免私有化以后的大型企业破产倒闭造成的大量失业问题，或是因为这些企业涉及国防安全等原因，在休克疗法消除了旧的补贴以后，又引进了新的更大、更隐蔽的补贴，其结果是寻租、腐败和收入分配不均的现象比中国更严重。

    三是如何看待中国经济未来的增长。从新结构经济学的理论出发，林毅夫认为，经过30多年的高速增长之后，中国经济未来的增长潜力在8%左右。在中国经济连续十多个季度增长减速的背景下，林毅夫的这一预测引起了很大的争议。反对的经济学家认为，现在中国经济结构失衡、社会矛盾尖锐、生态环境恶化、市场机制受到抑制，这些阻碍了中国经济的发展速度，未来中国经济的降速不可避免。林毅夫认为，作为发展中、转型中的经济，中国固然存在许多体制、机制问题，但是，最近四年来的经济增长减速则是由外部性、周期性因素造成的，中国经济的内部仍然存在保持一个较高增长速度的潜力和条件。从后发优势的理论看，中国虽然经历了连续35年的高速增长，但由于我们与发达国家的产业、技术仍然存在较大的差距，因此保持较高发展速度的潜力还很大。人均收入水平是一个重要的指标，它反映了人均劳动生产率水平，人均劳动率水平反映的是平均的技术和平均的产业水平。以现在的人均收入水平，按照2008年的最新数字，我们只有美国的21%。同样是人均收入水平占美国21%时，日本、新加坡、韩国、台湾等经济体利用后发优势均实现了20年7.6%到9.2%的增长速度。林毅夫以此推论，从2008年起，中国有20年8%的增长潜力。当然，他同时强调从增长潜力变为增长现实，需要通过坚忍不拔的改革来实现。

    四是如何理解经济发展的动力。美联储前主席伯南克在2008年金融危机期间，把金融危机的根源归之于世界经济的“失衡”，他的“再平衡”政策，要求西方发达国家减少消费、增加投资，要求中国等发展中国家增加消费、减少投资。美国、日本和欧洲的发达国家推行伯南克的“再平衡”政策，纷纷陷入萧条和停滞的状态。西方大多数经济学家和国内不少经济学家在危机中均持与伯南克相似的观点。而林毅夫力排众议，从新结构经济学理论出发，主张中国继续用投资拉动增长，认为发达国家走出危机的办法则是增加对发展中国家基础设施的投资，通过对发展中国家的出口提高发达国家的需求。他在《从西潮到东风》一书中系统地阐述了他的这一看法。