１９２７年４月１２日，蒋介石发动反革命政变，１８日在南京自立中央，成立南京国民政府与武汉国民政府对抗。４月２２日，宋庆龄与孙科等四十余人联名发表《讨蒋通电》，声讨蒋介石反共反人民的罪行。这时，武汉国民政府内部斗争也渐尖锐，汪精卫等人公开压制工农运动和攻击共产党人。面对这种情况，宋庆龄与孙科采取了完全不同的态度，政治上发生了明显的分歧。７月１４日晚，汪精卫不顾国民党左派人士的坚决反对，秘密召开会议，讨论“分共”问题。宋庆龄断然拒绝参加会议，派陈友仁代表她发言，反对“分共”。但孙科却支持汪精卫“分共”，甚至跟陈友仁大吵大闹起来。就在这天，宋庆龄发表《为抗议违反孙中山的革命原则与政府的声明》，驳斥汪的谬论。不久，宁汉合流，国共分裂，第一次大革命宣告失败。
    为了寻求中国革命胜利之路，１９２７年８月，宋庆龄赴莫斯科，后又到欧洲旅行。孙科则于１９２８年１０月，任南京国民政府考试院副院长兼铁道部部长。
    １９２９年４月底，宋庆龄由柏林启程经莫斯科回国，参加在南京举行的孙中山国葬仪式。５月１７日，宋庆龄抵达沈阳，当晚即由张学良夫人于凤至陪同乘车前往北平。当火车到达天津时，孙科、陈淑英、孙婉、戴恩赛、宋子良、宋子安等在车站迎接。１８日，孙科、宋子良、宋子安等陪同宋庆龄同车抵达北平。宋庆龄随即到西山碧云寺孙中山灵柩暂厝地献花行礼，跪抚棺前痛哭，伤心地呼叫：“总理!我在你身边呀!你看见我吗?”哀诉衷肠，声泪俱下。５月２２日，举行孙中山遗体改殓铜棺仪式。宋庆龄、孙科等步入灵堂前行礼守灵。２６日，举行奉移灵柩典礼后，即移灵南下。２８日，灵柩抵南京后，停放在湖南路中国国民党中央党部礼堂。２９日至３１日，举行了三天公祭活动。３１日下午，由宋庆龄主持家祭，孙科夫妇、孙婉夫妇等参加。家祭完毕，即行封棺仪式，宋庆龄、孙科夫妇和国民党文武官员依次行礼祭拜。６月１日凌晨，举行隆重的移灵仪式。５时，送灵队伍向中山陵进发，京城空巷，万众致哀，庄严肃穆。正午１２时，灵柩放入墓室，狮子山炮台鸣炮１０１响。宋庆龄率领家属主持封闭墓门后，她“独自站着，旁边没有人搀扶。”至此，奉安大典结束。当晚，宋庆龄便乘孙科为她专挂的花车，在母亲和宋子良、宋子安的陪同下返回上海家中休息。在孙中山奉安大典期间，宋庆龄与孙科虽然政治上有分歧，但并没有因此而影响家庭情谊。１９２９年９月，宋庆龄再次出国，在德、法等国潜心研究孙中山的遗著和国际政治。
（三）    １９３１年，宋庆龄因母丧回国。时局的发展很快就召唤她投入抗日救亡的斗争。随着日本的加紧侵略，中华民族危机日益加重，宋庆龄与孙科逐渐捐弃歧见，团结御侮，合作抗日。
    １９３２年１月２８日，日军继侵占东北之后又向上海发起进攻。第十九路军在蔡廷锴等爱国将领领导下，同仇敌忾，奋起反击。在沪的国民政府大员孙科等１９人联名致电何应钦，要求调援军来沪增援。宋庆龄高度赞扬和全力支援十九路军将士抵抗日本侵略上海。２月１５日，宋庆龄偕儿媳陈淑英、陈友仁夫人等携２０００个军用水袋、１４打上等香烟等物品到真如指挥部慰问，并在交通大学为伤兵设立了一所有３００个床位的医院，等等。孙科亦派员带来各地捐款１０万元。
    １９３５年日寇发动华北事变，激起中华民族抗日救亡运动新高潮。８月１日，中共中央发表《八一宣言》，号召全国人民团结起来，停止内战，一致抗日。宋庆龄与时任国民党政府立法院院长的孙科等率先响应，影响极大。１９３７年２月１５日，国民党中央召开五届三中全会，共商对中共与对日政策。宋庆龄为推动国共合作抗日，出席了这次大会，并在会上领衔与孙科、何香凝等１4名中执委联名提出《恢复中山先生手订联俄、联共、扶助农工三大政策案》，呼吁恢复总理三大政策，实现第二次国共合作，联合抗日，“以救党国于危亡，以竟革命之功业”。
    １９３７年“七七”事变爆发后，日本帝国主义又于８月１３日向上海大举进攻。宋庆龄竭尽全力支援“八一三”淞沪抗战。１１月１２日，上海陷落。宋庆龄于１２月２３日离沪赴香港。为了宣传中国抗战，争取国际援助，宋庆龄于１９３８年３月下旬在香港发起筹组保卫中国同盟（简称“保盟”），邀请了国共两党和中外著名人士为这个组织的发起人，其中也包括孙科。６月，“保盟”正式成立，宋庆龄担任主席，宋子文任会长。宋子文后因退出“保盟”，筹建了一个由中外赞助人组成的新机构，这当中也有孙科。
    在宋庆龄的呼吁、影响和孙科等知名人士参与下，美、英、法、加（拿大）、新（西兰）、印尼等国纷纷成立各种援华团体，捐款捐物援助中国抗战，并且组织医疗队到抗日根据地参加战时医疗救护工作。著名医生白求恩、柯棣华、米勒等先后来华，支援中国人民的正义斗争。海外广大爱国华侨也给中国抗战以极大的支持。总之，“保盟”对向国际友人和海外侨胞募集捐款和物资，支援祖国抗战作出了独特而卓越的贡献。