由于包括工业重地上海在内的我国沿海工业遭到了敌军毁灭性的打击，新西兰友人路易·艾黎、美国通讯社记者埃德加·斯诺及其夫人提议在非敌占区开展工业合作社运动，组织难民生产自救。宋庆龄为“工合”运动的设想所感动，并表示对此“百分之百地支持”。起初，掌握财政大权的孔祥熙对“工合”态度冷淡，宋庆龄通过宋子文，请宋霭龄和宋美龄说服孔祥熙改变态度，在宋霭龄的极力劝说下，孔祥熙最终同意由财政部拨款予以支持。１９３８年８月，“中国工业合作协会”总会在汉口宣告成立。宋庆龄任名誉理事，宋霭龄任顾问。宋霭龄认为“国内新兴之工业合作社，对于日后发展新事业有莫大关系”，因此她在“工合”运动的众多生产部门进行投资，特别对纺织业表现出浓厚的兴趣，“尽力促进苎麻纤纵生产之发展”。当时的一些报道称赞“孔夫人之热心赞助尤为合作事业发展之主动力量”，“合作事业得有今日之成绩”，“三位夫人共有力焉”。
    武汉沦陷后，宋霭龄移居香港。１９４０年３月，宋美龄为养病也来到了香港。宋氏三姐妹在香港重又团聚了。她们一起在公众面前亮相，引起了轰动，因为这是她们三人自孙中山奉安大典后１１年来的第一次一起公开露面。
    ３月２８日，宋美龄在宋霭龄寓所召开了香港妇女团体领袖集会，宋庆龄也参加了会议。在会上，宋美龄阐述了正在重庆蓬勃开展的征求十万伤兵之友的活动，宋庆龄立即起立致词，提议成立香港“伤兵之友”运动会，以宋霭龄为名誉会长。宋霭龄担任名誉会长后，对“此次征求工作，极为关怀”。在该活动即将结束时，宋霭龄在私邸开茶会招待各妇女界领袖，对征求“伤友”极表敬佩，宋庆龄也在邀请之列。在茶会上，宋霭龄致词说：“伤兵为国流血，吾人应为彼等服务，使其感到安慰。际此抗战之时，伤愈将士，当必重上前线。至不能重上前线者，吾人亦决尽力予以援助。”
    ３月３１日，三姐妹在汪精卫成立卖国傀儡政权的第二天，一同前往重庆，以表达团结抗战的决心。在重庆，三姐妹慰劳伤兵难民、视察妇女工作、指导“工合”运动与生产事业，并对美国发表广播演讲，共同表达了争取抗战胜利的愿望。宋霭龄和宋美龄都希望宋庆龄能够长期在重庆领导妇女工作，辅助国民党政府，但宋庆龄认为香港有更有益的工作等待着她，故于１９４０年５月９日飞回香港，宋霭龄也同机返回。
    １９４１年底香港沦陷前夕，宋庆龄飞离香港，转往重庆。宋霭龄也是在最后时刻才离开香港，但她和她的家人却是霸占了国民党政府派往香港营救在港要人的专机飞回重庆的。在重庆机场，当孔家主仆连同“爱犬”一起从飞机上鱼贯而下时，早就在机场迎候的人群却翘首不见应该同机返回的其他在港要人。此举触犯了众怒，联系孔家历年来的斑斑劣迹，加之国民党内部的党争，倒孔之声如狂潮般汹涌而来。
    当然，在蒋介石的包容下，孔家并没有大难临头。在重庆，宋霭龄再次充当了蒋介石的“帮凶”。由于宋庆龄一贯坚持自己的政治立场，使得蒋介石十分恼怒，但始终奈何不了她。这次宋庆龄来到了他的地盘，蒋介石认为这下可以控制她了。他把宋庆龄安置在宋霭龄的家中，而听命于蒋的宋霭龄也借口家中房间不够，安排被特务监视的房间给宋庆龄住，极大地妨碍了宋庆龄的行动自由。宋庆龄不得不搬到宋子文为她另外安排的住所，虽然仍然有人在户外监视，但一举一动毕竟方便多了。
    抗战后期，中印缅战区美军司令兼盟军参谋长的史迪威因为同情共产党军队，支持并帮助宋庆龄向解放区提供医药援助而与蒋介石发生了激烈的矛盾，宋霭龄夫妇从维护蒋介石集团的共同利益出发，对史迪威又拉又压，逼迫其向蒋屈服。１９４３年９月，史迪威与蒋介石因在国共合作进击日军的问题上发生磨擦。宋霭龄认为此时不能与美国搞僵关系。她和宋美龄一起从中斡旋，暂时缓和了史迪威与蒋介石的矛盾。但是，豫湘桂大溃败后，罗斯福总统建议由史迪威统帅中国军队，引起了史蒋矛盾的总爆发。于是，尚留在重庆的宋霭龄再次出面，找了一个机会把史迪威“请到范庄孔公馆”，晓以“大义”。在史迪威向她指责蒋介石在抗战时期居然动用十万大军准备打内战后，宋霭龄不再客气地指责史迪威“有干涉中国内政的嫌疑”，并且警告他，蒋介石在名份上是“最高统帅”，“参谋长职务是辅助统帅，绝没有取而代之的道理”。同时，正在美国的孔祥熙又在罗斯福总统面前屡进谗言，要他召回史迪威。在宋霭龄夫妇的内外积极“努力”下，史迪威终被召回。宋庆龄对此十分失望，她认为史迪威的离去，意味着国共合作将遇到更大的阻力。史迪威日记中记载道：“我被召回。会见了孙逸仙夫人。她哭了，她的身体总的看来衰弱了。”
    宋霭龄和孔祥熙虽然为蒋介石竭尽犬马之劳，但在如潮般涌来的倒孔声中，蒋介石终究抵挡不住了。１９４４年１１月至次年７月间，孔祥熙被迫相继辞去财政部长、行政院副院长、中央银行总裁三大要职。情知不妙的宋霭龄早已于夫婿卸职之前，借口陪同宋美龄出国旅行，于１９４４年６月带着长子孔令杰夫妇与宋美龄一起飞往巴西，趁机向国外转移孔家的巨额财产。１９４６年，宋霭龄赴美定居。