然而，二次革命不久还是失败了。８月３日，孙中山逃亡日本。在他之前，宋耀如已经举家迁往日本神户。于是，孙中山决定先到神户，“与在东方饭店的宋某（嘉树）协商后再决定今后去向”。
    此时，宋庆龄刚刚大学毕业，还不知道国内形势的反复。她放弃原定留美继续深造的计划，急切地踏上归途，准备为获得新生的祖国效力。接到父亲来电后，宋庆龄中途传道赴日。８月２９日，宋庆龄带着一封致孙中山的私人信件乘船来到日本横滨，宋耀如和宋霭龄一起前往码头迎接。３１日，宋耀如带着两个女儿返回东京孙中山寓所。为协助孙中山准备发动第三次反袁革命，宋耀如与宋霭龄同时担任孙中山的秘书。因此，宋家父女经常留宿孙宅，并频繁来往于东京和神户之间。在日本，宋庆龄渐渐熟悉了孙中山的革命工作和他本人。在孙中山患病期间，宋庆龄与宋霭龄一起看护左右。其时，宋耀如正身患肾病，但仍坚持为孙中山处理英文信件。由于不宜像日本方式那样长时间盘腿席地而坐写作，宋耀如就让宋庆龄帮助他，并且很快教会女儿协助孙中山工作。
    １９１４年９月，宋霭龄回国与孔祥熙结婚。于是，宋庆龄正式接替姐姐的工作，担任孙中山的英文秘书。她兴奋地给还在美国读书的妹妹宋美龄写信说：“我从没有这样快活过。我想，这类事就是我从小姑娘的时候起就想做的。我真的接近了革命运动的中心。”
    ９月３０日，为回答美大使馆讯问，孙中山列举袁世凯的罪状及其迫害国民党的毒辣手段。孙中山的发言稿“系由先生、廖仲恺、宋嘉树、宋庆龄执笔”。作为孙中山秘书的宋庆龄已正式身负其职，同父亲宋耀如一起积极协助孙中山的革命事业。
（三）    １９１４年１１月２９日到１９１５年３月１０日期间，宋家父女的踪迹突然从日本外务省档案中消失。据《宋庆龄自述》称：为了使自己了解中国的真正事实和形势，宋庆龄决定再次赴美攻读新闻学。怀着这个目的，她与家人一起回了一趟上海。当时，宋耀如由于健康状况日差，“因此在其朋友的劝告下，回来请上海的专家看病”。回到上海后，由于父亲身体虚弱，宋庆龄不能再按原计划到美国了。
    ３月初，宋家又到日本。１７日，宋庆龄到东京看望孙中山，孙中山亲往车站迎接。宋庆龄与孙中山在进行革命活动过程中，建立了深厚的感情。之后，他们俩频繁单独会晤。宋耀如显然感觉到了这其中的异常，于是在６月再次举家迁回上海。
    回到上海后，宋庆龄向父母摊牌，要求与孙中山结婚。但是，宋耀如夫妇对女儿的婚事早就另有打算，他们坚决不同意宋庆龄的要求，告诉她要把她嫁给上海一个名门望族的后代。他们认为：孙中山已经有了妻室儿女，他的年龄也不适宜作她的丈夫，而且最重要的是他的生活过于动荡不定，女儿嫁给他不会幸福。再则，宋耀如一向视孙中山为同辈知己，作孙中山的岳丈对他来说是一件十分尴尬的事情。宋庆龄见不可能取得父母的谅解，于是她做出了一个惊天动地的举动--离家出逃。
    １９１５年１０月２４日，宋庆龄在朱卓文（孙中山好友）及其女儿慕菲雅（Ｍｕｐｈｉａ，宋庆龄童年时代的好友）的陪同下，回到日本。此时，孙中山已经同前妻办理了离婚手续。次日，俩人便在日本朋友梅屋庄吉夫妇的主持下，举行了婚礼。
    宋庆龄此举在宋家掀起了轩然大波。宋耀如夫妇看了女儿留下的告别信后，竟不顾年老体弱，紧接宋庆龄之后，乘下一班轮船赶到日本，想劝说女儿回家。２７日，宋耀如夫妇来到孙宅。“母亲哭着，正患肝病的父亲劝着”，宋耀如甚至跑到日本政府去请求帮助。宋庆龄十分伤心，但是她坚决拒绝离开丈夫。这件事对宋耀如打击很大，他曾向挚友步惠廉吐露说：“我一生中从未受过这样的打击。我自己的女儿和我最好的朋友（结婚）。”
    虽然遭受了来自骨肉和挚友的沉重“打击”，但是宋耀如是一个正直豁达的人。他对宋庆龄的深沉的父爱丝毫不减，他也依然忠实于孙中山的正义事业。他经过激烈的思想斗争以后，终于接受了女儿宋庆龄与挚友孙中山结婚的现实。宋耀如曾致函孙中山说：“我们永远不会做任何有损于你或你的事业的事。”没过多久，宋耀如夫妇就补送了宋庆龄一份丰厚的结婚嫁妆，其中有一套家具，一条绣着百子图的被面，一件宋老夫人成亲时穿的锦缎长袍。这些说明，宋庆龄与孙中山的婚事已得到宋庆龄父母的认可和祝福。
    婚后的宋庆龄以孙中山夫人的身份继续担任他的秘书，生活十分清苦。１９１８年４月，宋耀如病危时，宋庆龄正在广州协助孙中山开展护法运动。由于受西南军阀的排挤和打击，孙中山任大元帅的护法军政府举步维艰。宋庆龄得知父亲病危的消息后，立即赶回上海，守护在父亲的身边。５月３日，宋耀如因胃癌逝世。
    为父亲办完丧事后，宋庆龄又重返广州，协助孙中山为捍卫真正的民主共和继续斗争。为纪念故人，孙中山臂袖黑纱为宋耀如服丧。