次日，评议会正式召开：“八点，评议员陆续来，计到立夫、企孙、左之、晓峰、郭任远、焕镛、农山、步曾、淬廉、寅恪、咏霓、雪艇、骝先、唐臣、润章、子春等。院中各所长均到，惟巽甫未来。林可胜于下午始到。推雪艇为主席。行礼如仪，为蔡先生致哀。次叔永报告蔡先生逝世前得病情形。八点五十分休息。九点十分又召集会议。来宾到居觉生、陈立夫及中央党部代表杨公达。读林主席及蒋委员长训辞后，居院长及陈部长各有演说。次评议会秘书咏霓及总干事叔永均有报告。”“晚七点半至中四路103号官邸，应蒋介石先生之邀晚膳。出席评议员除仲揆、缉斋、雪艇及林可胜四人以外余均到。蒋对于未见过诸人一一问询。询余以浙大搬何处，学生全到否。”（《竺可桢日记》第二卷，1940年3月22日；《竺可桢全集》七卷第321－322页）蒋介石在官邸设宴招待此次赴重庆开会的评议员，并特别与初次见面的评议员一一交谈，以示礼贤下士。值得关注的是，陈寅恪与从未谋面的蒋介石近距离相晤之际，为国家大局发展提出了重要的建议——建议内容在本文后半部分将会拈出讨论。

　　第三日，评议会成员对于院长人选进行正式投票：“九点至两路口嘉陵宾馆开中央研究院评议会。今日上午选举中央研究院﹝院长﹞候选人。照章推三人，由国府择定一人。用记名投票法。结果咏霓、骝先各得廿四票，适之得廿票。次多数仲揆六票，叔永四票，余得两票，顾孟余一票。”（《竺可桢日记》第二卷，1940年3月23日；《竺可桢全集》第七卷第322页）投票结果：朱家骅后来居上，得二十四票，超越胡适，与翁文灏相同。既然采用“照章推三人，由国府择定一人”之法，担任国民党中央组织部长的朱家骅（1893－1963）即被最高当局择定为中央研究院的代理院长。公允地说，留德博士出身并且曾任中央大学校长的朱家骅较之顾孟余自然更富学者色彩，更易被学界接受，况且他还兼任对于学界经费资助具有重要作用的管理中英庚款董事会董事长一职。

　　1941年12月8日，太平洋战争爆发，日军迅速攻占香港。竺可桢“接企孙函，谓蔡先生及骝先、叔永、巽甫之家属，寅恪、焕庸诸家，杨季璠、何淬廉、赵元任、王书庄本人，均在港云”（《竺可桢日记》第三卷，1941年12月17日；《竺可桢全集》第八卷第204页）。叶企孙（1898-1977）曾任清华大学理学院院长。竺可桢从叶企孙来信中得知香港沦陷时，蔡元培家属、朱家骝家属以及陈寅恪全家包括语言学家赵元任本人皆来不及离开，困居孤岛，情况甚危。

　　深知人才难得的傅斯年急于要救陈寅恪脱离险境，他在战争爆发后的第二天连发三封电报给相关负责人杭立武、王毅侯及陈寅恪本人：“重庆杭立武兄：务盼设法助陈寅恪兄来渝，电复宜宾转李庄”；“重庆王毅侯兄：祈电丁巽甫（西林）兄，设法助寅恪离港，先垫款，弟负责料理此事，并陈院长”；“香港九龙太子道三六九号三楼陈寅恪：已电杭及丁巽甫助兄，速飞渝。”（《傅斯年全集》第7卷第226-227页）真是情见乎辞，对于陈寅恪而言，患难之际傅斯年这种人溺己溺的援救之情，真可借用唐诗一句“桃花潭水深千尺，不及汪伦送我情”了。

　　后来陈寅恪得各方友人相助，总算从日寇魔爪下逃离香港，辗转来到广西桂林。在致傅斯年的信中详述困居孤岛时的险状：“此次九死一生，携家返国，其艰苦不可一言尽矣，可略述一二，便能推想，即有二个月之久未脱鞋睡觉，因日兵叩门索‘花姑娘’之故，又被兵迫迁四次；至于数月食不饱，已不肉食者，历数月之久，得一鸭蛋五人分食，视为奇珍。此犹物质之痛苦也，至精神上之苦，则有汪伪之诱迫，陈璧君之凶恶，北平‘北京大学’之以伪币千元月薪来饵，倭督及汉奸以二十万军票（港币四十万），托办东亚文化会及审查教科书等，虽均已拒绝，而无旅费可以离港，甚为可忧，当时内地书问断绝，沪及广州湾亦不能通汇，几陷于绝境，忽于四月底始得意外之助，借到数百港元，遂买舟至广州湾，但尚有必须偿还之债务，至以衣鞋抵值始能上船，上船行李皆须自携，弟与内子俱久患心脏病，三女皆幼小亦均不能持重物，其苦又可想见矣。”（《陈寅恪集·书信集》第87－88页，三联书店，2001年）此时正在昆明西南联大执教的吴宓，闻听陈寅恪脱离险境归来，欣喜不已，作《答寅恪》诗相慰，其中，“喜闻辛苦贼中回，天为神州惜此才”之句表达了同人好友的惺惺相惜之情。

　　1943年年底，竺可桢从抗战时浙大的所在地遵义赴重庆参加教育部会议，拜访了分别多年的陈寅恪：