参谋长联席会议于1963年4月向国防部长提出一份长篇报告，拟定了间接与直接打击中国核计划的两种方案。间接方案是使用外交和宣传攻势，直接的则就是使用强制手段。两种方案既可由美国一家来干，也可以发动西方盟国一起干。美国希望能够得到苏联积极或心照不宣的支持。直接方案包括：A．由国民党军队实行渗透、破坏和发动对大陆的进攻；B．实施海上封锁；C．南朝鲜进攻北朝鲜，以对中国边界施加压力；D．对中国的核设施进行常规武器的空中打击；E．使用战术核武器有选择地打击中国的目标。  

　　但是，参谋长联席会议代主席李梅将军在备忘录中坦言，公开使用武力是不现实的。不管是进行封锁还是使用武力，都不能不考虑到中国的报复和战争升级。至于如何使美国的行为在国际上合法化，就更困难了。但是，如果有苏联的哪怕是默许的合作，情况就会不同。  

　　军方对能否与苏联联手对付中国表示怀疑。但行政官员们却兴趣盎然。国家安全事务助理邦迪是第一个向苏方发出试探的高级官员。5月中旬，邦迪会见了苏联驻美国大使多勃雷宁。他向后者提出，希望“私下认真地”就中国核计划“交换意见”。但多勃雷宁把话题扯到了美国“多边核力量”的计划问题上。“多边核力量”是美苏关于防止核武器扩散谈判最棘手的问题。苏联大使说，不要让我们苏联政府把中国的核发展问题看得太简单化了。  

　　1963年6月，赫鲁晓夫公开宣布，苏联同意美国派遣一位特使来莫斯科，讨论部分禁止核试验条约问题。这个消息再次刺激了美国决策层。他们认为这是探讨美苏联手对华可能性的时机。但由于已知苏联人更关心的是“多边核力量”，而“多边核力量”是美国欧洲政策的一个基点，它同防止核扩散协定又是矛盾的。在这种复杂关系面前，要取得苏联同意联手对华，就必须在两者间进行选择。最后，肯尼迪在一次内阁会议上提出，应研究“放弃多边核力量政策”，以作为达成防止核扩散协定代价的可能性。  

　　当哈里曼刚刚抵达莫斯科，他就接到肯尼迪的指示，必须对赫鲁晓夫强调，一个有核的中国，哪怕具有很小的核能力，“对我们所有人都是非常危险的”。虽然哈里曼最后成功地签署了部分禁止核试验条约，但他始终没有能引诱赫鲁晓夫就反对中国核计划问题，进行任何讨论。只要法国坚持不参加禁止核试验条约，赫鲁晓夫感到，他也无法做到孤立中国。  

　  纵容国民党发动突然袭击  

　　1963年9月，蒋经国访美。蒋经国造访了中央情报局。在会谈中，双方涉及到使用空降部队袭击中国核设施的可能性问题。之后，蒋经国又会见了邦迪，蒋经国劲头十足地提出，只要美国对突击行动提供运输和技术支援，打击大陆核设施就可以干。邦迪支持蒋的想法，但顾虑军事行动会促使中苏重新结盟，并引起大的冲突。因此，他告诉蒋经国，打击行动还需要做慎重的计划。9月11日，蒋经国同肯尼迪进行了一次长时间会晤。肯尼迪直截了当地询问蒋经国：“是否有这种可能性，即将300到500人的突击队派到像包头这样远的地方，而飞机不被击落？”蒋经国回答说：派遣突击队的建议“昨天已经同中央情报局的官员讨论过了。他们认为这样的计划是可行的”。对此，肯尼迪还是没有完全放心。鉴于古巴猪湾事件的经验，华盛顿和台北都需要有关大陆的更准确的情报。  

　　几天后，蒋经国会晤中情局局长麦克恩。双方同意建立一个小组，来研究派遣国民党作战人员袭击中国大陆核设施的可行性问题。约翰逊报告发出不同声音蒋经国走后，肯尼迪政府继续研究如何扼杀中国核计划的各种可行性。其中，由美国飞机空投蒋军破坏小组，仍是中情局最看重的方案。参谋长联席会议也曾提出所谓“布拉沃（BRAVO）”计划，即非常规作战计划。即由一个跨部门的小组来“考虑如何阻断中共核计划的方法和手段”。此外，参谋长联席会议应助理国防部长威廉·邦迪之邀，考虑了一个常规攻击中国核设施的方案。该方案的主要内容是以多批次打击来毁坏和瘫痪中国核设施。这时，国务院的一个不同声调出现了。这就是国务院东亚问题专家罗伯特·约翰逊所完成的研究报告。这个报告有200多页长，题为《共产党中国的核爆炸和核能力》。  

　　约翰逊报告指出，中国的核能力“在未来一个不能确定的时间里，不会改变世界主要国家之间真正的力量关系，也不会影响亚洲军事力量的平衡。”中美之间巨大的力量差异，以及中国核能力的脆弱性，使中国的核威胁减小到了最低程度。一个有核的中国，处在美国可攻击的范围之内，而中国对美国却做不到这一点。他认为，中国制造核武器的目的，是以此来威慑敌人对其领土的攻击。它不可能改变中国谨慎的、后发制人的军事政策。  

　　约翰逊建议，一旦中国核试验成功，美国应向所有友好国家再次承诺，它将帮助它们对抗中国。这既可以对抗中国的压力，也能防止其他亚洲国家单独发展自己的核武器。  

　　1963年11月22日，肯尼迪遇刺身亡。林登·约翰逊在飞机上宣誓就任美国第36任总统。林登·约翰逊仍然把中国在东亚的影响，看作是对美国的巨大威胁。然而不管怎么说，约翰逊与他的前任不同。他没有公开评论中国的核计划，也极少提到要采取步骤打击它。