一届三次“国大”原定的主要任务是选举“总统”、“副总统”，这是因为蒋介石和陈诚的任期已到期。根据“国大”通过的“宪法”规定，“总统”只能连任一次，而蒋介石已连续担任两届，按“法理”没有再度竞选的资格。国民党当局把注意力集中在如何“修宪”，以保住蒋的统治地位。另一个问题是，民社党、青年党、部分无党派代表和部分国民党代表，在会前提出要实施创制、复决两权，其理论依据是孙中山对政治权利的解释。孙中山把政治权利分为“政权”和“治权”两类，政权包括选举权、罢免权、创制权和复决权，后两项相当于西方议会的法案提议权与审议权。部分“国大”代表要求“国民大会”行使创制、复决两权，以制衡行政权力过大的弊端，其实质是反对国民党一党专政。而要获取创制、复决两权，前提是要否定《动员戡乱时期临时条款》。因此，一届三次“国大”主要讨论三个问题：所谓的“动员戡乱”的名称是否还有必要维持?创制、复决两权应否由“国大”行使?总统能否连任一次以上?
　　这些问题首先在“国大”第一审查委员会修改临时条款整理小组讨论，然后提交大会讨论、表决。3月7日，在国民党操纵下，推定47人的整理小组，王云五为召集人。鉴于报界报道“国大”代表打斗事件已造成“不良影响”，王云五提议整理小组开会时，“为使与会者得以自由发言，应谢绝新闻记者参加”。于是，整理小组进行封闭式的讨论。王云五以主持人的身份，提出“动员戡乱”名称不变，“总统”可以连选连任，创制、复决两权留待以后解决，他说：“动员戡乱时期总统得连选连任，不受宪法第四十七条连任一次之限制。”“关于国民大会创制、复决两权之行施，于'国大'第三次会议后，设置机构，研拟办法，连同有关修改宪法各案，报由总统召集国民大会临时会议讨论之。”整理小组的这次会议，意见颇多分歧，讨论自3月7日下午4时开始，至次日零点40分才结束，历时约9小时，勉强达成一致意见，与王云五所提建议大致相同。会后，王云五赶紧整理讨论结果。3月8日，他在审查会上作了汇报。国民党报纸对他大加赞扬：“王云五代表是前夜彻夜会议的主席，他在审查会上报告说：'我七十多岁，从来没有参加过这样连续9小时长的会议，我们畅所欲言，没有限制，我们都抱定不睡觉到天亮非要交卷的决心开下去。'这位睡眠仅三小时的老人，丝毫无一点倦容。”但是，经审查会通过的提案交付大会讨论时，引起激烈争论，代表们纷纷要求发言，以致不顾大会主席劝阻，抢先讲话，会场里好几个地方同时展开唇枪舌战，一时秩序大乱。于是，当天夜间临时推定10人小组，以对付大会意见无法统一的矛盾。10人小组由王云五、张其昀、何应钦、谷正纲、余井塘、黄季陆、李宗黄、王培基、张旦平、颜泽滋组成，王云五为召集人。这10人小组，国民党要员占了大多数，决议拖延创制、复决两权的行使。3月11日大会开始后，仍是一片混乱，反对意见仍然很为激烈。这时，王云五突然起立，朗声发言，重点在于说明创制、复决两权必须拖延行使，但到时候必定能够行使，并以自身来自工商界，说话向来算数为保证：
　　自大会正式开议以来，首先是修宪与修改《临时条款》之争持。及此一问题解决，全体代表对于藉《临时条款》之修订，使蒋先生得以连任，可谓人同此心，毫无异议；却因创制复决两权行使的问题，又发生激烈的争执。……我们深知创制、复决两权为大多数代表所企望行使，而极度关怀。所不同的只是即时行使，或是经过郑重研究然后行使。第一审查会经过四十七人整理小组的长时间悉心研究，决议采取经过郑重研究然后行使的方式。……本人来自工商界，工商界最重信用，是一便是一，是二便是二；本人虽服官，但并不是政客，希望大家信任本人的说话。
　　王云五的“在官言商”，以商喻政，着实让与会代表吃了一惊，众皆愕然，面面相觑，一时竟不知道该如何同这位“矮个子白发老人”争论；而况再争吵也不会有结果，这位“矮个子白发老人”的意见，代表的是国民党当局的观点。既然创制、复决两权还有“研究行使”的一丝希望，于是持不同意见者也就缄口不言了。台湾各报对王云五这次发言的述评，大多集中在“在官言商”，赞之者说他重信誉、有威望，骂之者说他以商干政、乱政。3月11日的会议修改了《动员戡乱时期临时条款》，对“总统”连任问题作出新的规定：“行宪首任总统，不受宪法第四十七条连任一次之限制，连选得连任。”这一条显然是特地为蒋介石得以连选连任而修改的。3月12日，国民党临全会推定蒋介石和陈诚为“总统”、“副总统”的候选人。民社党和青年党对国民党强化一党专政表示不满，拒绝推出候选人。于是会内外传说，莫德惠和王云五这次真要作为无党派人士参加选举了，否则蒋、陈没有陪选对象，直接当选岂不太难看了！莫、王两人赶紧声明，无意参加竞选。3月21日蒋介石再度当选“总统”，3月22日陈诚蝉联“副总统”。由于“行宪首任总统”可以不受限制地连选连任，蒋介石先后共连任五届“总统”。而第一届“国大”代表，在南京举行过一次，在台北举行了多次，一直没有改选代表，被台湾人民讥称为“万年国会”。