1955年3月，《自由人》又捅了马蜂窝，该刊文章论及扬子公司在上海时期的贪污案，批评了孔祥熙。国民党当局很为恼怒，决定直接干涉。“司法部”部长谷凤翔致函王云五称“倾阅本月二十三日《自由人》报刊载《自由谈》及《半周展望》雷啸岑先生文内谓，扬子公司贪污案牵涉本部，曷胜骇异，此种无稽之词，殊足影响政府信誉”，要求“查明更正”。3月26日的国民党中央党部宣传会议对《自由人》的言论表示极为不满，责成《中央日报》社长阮毅成将中央党部意见转告“自由人”及有关刊物。据阮毅成《自由人参加记》记叙，中央党部秘书长张厉生在会上作报告，说：“香港《自由人》三日刊，近日言论记载愈益离奇，须采取停止进口处分。”阮毅成当场扮解道：自由人社参加者多为各方知名人士，请勿予停止进口，否则，反而会遭致海外人士的批评。3月30日，自由人社在台同人再次聚会，商讨对策，由王云五主持会议，得出在台同仁，愿意退出的决议，但又认为《自由人》刊物不宜停办。4月7日，王云五致函张群，请转告蒋介石，打算以改组自由人社、变通处理《自由人》刊物的方式，以维护政府形象：
　　数年以来，该刊主张尚鲜有失当，不幸最近发生言论失控之事，弟为发起人之一，以道远未能预防，深觉不安。侧闻政府有予以停止输入处分之议，在政府依法处理，该刊咎有应得，弟讵敢有异议，惟是该刊经费本奇绌，全恃内销而维持，一旦停止内销，势必停止刊行，外间不察，或不免对政府妄加揣测，弟爱护政府，耿耿此心，窃认为消极制裁，不如积极辅导，设能在政府辅导之下，将该刊改组，由政府指定负责主持言论之人实行接办，可变无用为有用。
　　但是，王云五的信函并不能改变国民党最高当局的态度。中央党部非但坚持《自由人》刊物禁止输入台湾，而且规定该刊不得再与香港时报社发生联系。《自由人》的印刷向来由时报社代办，时常拖欠印刷费，时报社并不催逼。中央党部不许《自由人》刊物借助时报社之力印行，犹如釜底抽薪，欲置《自由人》刊物于死地；同时，此举也是对所有“自由人”的警告。4月15日，在台“自由人”讨论应付办法，王云五主持会议，决定“在台同仁既已必须退出”，中央党部又有严令，“环境困难如此，只可宣布停刊”。会后，王云五即写信给《自由人》刊物在港负责人左舜生，通知停刊决定。不料左舜生等人对国民党的专制行为颇为反感，决定克服困难，自行其事。4月29日左舜生自香港致函王云五，明确表示反对停刊。从此，香港“自由人”自行其事，不再受王云五、阮毅成等约束。《自由人》刊物坚持到1959年9月13日才宣布停刊。在台“自由人”不再自由，内部也发生分化，雷震等人抨击专制统治，与台湾当局关系紧张；亲台湾当局者仍保持相互间的联系。据阮毅成回忆，在台部分原“自由人”于1961年9月27日再度定期集会，后来又邀请国民党元老与高级人员参加：“原自由人在台同仁中之王云五、楼桐孙、成舍我、陶百川、程沧波、端木恺及我。由范争波兄发起，邀集每月定期聚餐一次。另约余井塘、吴三连参加，共十人。旨在联欢，轮流作东。后又有同仁约请陈立夫、钱大钧、顾祝同、蒋鼎文四人与会。蒋逝世后，未再补人。聚会至今未中断，盖已十七年矣。”聚会虽延续下去，性质与前已大不一样。
　　在台多次参加“国民大会”，屈从蒋介石意旨。敲边鼓，吹喇叭，“国大之宝”有辱学人刚正品行。在官言商，以商喻政，不料当局政治权术有别于商业信用，“动员戡乱”条款压倒一切。
　　50年代初，台湾国民党政权面临经济困难、人心不稳的社会现实，为了继续维持在海岛一隅的统治，1952年10月国民党七大结束后，即酝酿召开所谓的“国民大会”，以便借“合法”的名义加强统治。第一届“国大”召开过多次大会。第一次“国大”是在南京时期由国民党单方面召开的，中共和民盟都拒绝参加。另几次“国大”都是在台北举行的，其实是国民党控制下的“台大”，更加“名不正，言不顺”。王云五先后参加了第一届“国大”的六次大会，而且都是主席团成员。南京一届一次“国大”期间，王云五身为行政院副院长，主席团会议多不能参加。一届二次“国大”于1954年2月19日在台北开幕，由胡适任临时主席，主要任务有三个，一是选举“总统”、“副总统”，二是决定所谓的《动员戡乱时期临时条款》应予延长还是废止，三是讨论监察院对副总统李宗仁的弹劾案。在一届二次“国大”筹备和开会期间，王云五还没有正式官职，表现颇为活跃。3月1日，开始大会讨论，代表们热衷于细枝末节的争论。3月3日举行的第二次大会讨论，仍纠缠于议事规则和个别字眼上的争执，尤其在代表们“得听取政府施政报告”，还是改为“应听取政府施政报告”的一字之争中相持不下。据报道，主持大会的王云五“巧妙”地解决了争论问题：