从初稿完成（1663年）到康熙四十年（1701），这三十八年中，不同的阶段，不同的朋友，流出不同的钞本。这些钞本都在等待着一位有胆识的“出版家”的到来，这就是凌凤翔。康熙四十四年，苕南凌凤翔在“五羊官舍”邂逅东海朱梅（字素培），得到一个钞本。最不幸的事发生了，后来证明这是诸多钞本中最简略的一个。这就是钱曾《诗注》的木刻本，即钱仲联整理本所说“清刻笺注本”、周法高影印本所说“木刻本钱曾所撰《牧斋初学集诗注》二十卷及《牧斋有学集诗注》十四卷”。

　　钱曾去世后六十年，乾隆皇帝看到沈德潜编选的《国朝诗别裁集》，拉开了禁毁钱谦益著作的序幕。

　　故《初学集》版本情况至简，一个系统是无注之瞿本，为明刻，后《四部丛刊》即影印此本。另一个系统为笺注本，即凌凤翔刻本，稍后有翻刻，紧接着便禁断。直至清末，才有宣统二年（1910）邃汉斋铅印本（钱仲联整理本，诗用瞿本为底本，笺注即以此本为底本）、宣统三年（1911）上海国学扶轮社石印本等版本面世。

　　瞿本与笺注本比，就诗而言，文字有差异，次序也不同。文字上无疑是瞿本可靠，因为凌凤翔为避时忌，有挖改现象，并删去诗中原注，更直接删去两首诗（卷一《临淮田舍题壁》、卷十五《羽林老僧》。钱仲联整理本恢复了这两首诗，但前一首末句仍不全，为“生取□□□□归”，即“生取努尔哈赤归”）。次序不同主要在卷一最前面几首，凌凤翔为了不引起注意，把卷首《神宗显皇帝挽词四首》、《泰昌皇帝挽词四首》、《嫁女词四首》都移到了后面，让《寄陆大参》打头，打乱了原有顺序（《嫁女词》无违碍者，它位置的移动，未得其解）。

　　钞本之情形

　　刻本就说完了。但事情并没有完，因为还有钞本。这注定是钞本比刻本重要的一个案例。

　　钱谦益著作被禁后，书版被毁，很长一段时间无人刊刻，但是仍有钞本流传。邓之诚在《清诗纪事初编》中就说：“（钱）曾注未尽刻，今尚有原稿流传也。”（卷三甲编上“钱谦益”条）原稿迄今未见，然劫灰之后，幸有钞本流传。

　　二十世纪七十年代，台湾周法高先生于傅斯年图书馆蒐得一钞校本，每卷下附“原注补钞”，所补数量之大，令周先生狂喜，于是将其影印出版，名之为《足本牧斋诗注》。其具体数目，后来在文章《读柳如是别传》（1982年）中进一步补充：“足本藏傅斯年图书馆。《初学集诗注》每卷后附墨笔《原注补抄》，共446页，3036条；《有学集诗注》每卷后附墨笔《原注补抄》，共202页，895条；合计648页，3931条。通行本《牧斋初学集诗注》2620条、《有学集诗注》4260条、《投笔集笺注》521条，共7401条。与《原注补抄》合计，共2766页，11332条，《原注补抄》占总数三分之一强，其分量不可谓少。”（参周氏《钱牧斋吴梅村研究论文集》，台北编译馆）

　　钱仲联先生为上海古籍出版社整理的《牧斋初学集》是1983年出版的，按说已经可以吸收周法高“足本”之优了，但由于两岸长期睽隔，信息不通，只能再次留下遗憾。此本为通行本。

　　2010年初，学者卿朝晖先生偶然发现钱曾《牧斋初学集诗注》的何焯钞本，虽佚去六卷（全本为二十卷），而所注多出刻本及钱仲联整理本四千三百余条，比周法高“足本”也多出一千三百余条。又检得国图、上图及中山大学图书馆也藏有《初学集诗注》旧钞本，条目多寡不一。就前十四卷来说，何焯藏本最全。

　　这个钞本有“何焯之印”、“屺瞻”朱文印记。钱曾与何焯有师生关系，在何焯文集中有《初学集诗注》的消息：“前岁侍言世丈先生，命搜五芳井事实，《定兴县志》即范君所修，惜其寡识，无佳文记述，止有漳浦一篇，别纸节抄附上，或可补载《诗注》。”（《义门先生集》卷六《与钱楚珩书》）世丈即钱曾，《初学集》卷十二有《五芳井歌》。可见何焯还一定程度上参与了资料的收集，那么他所藏钞本之意义就不容忽视了。但是这个残卷没有其他名家递藏的印记，也无著录，流传情况不明。

　　现以《初学集》卷十四《中秋夜，饯冯尔赓使者于城西方阁老园池，感怀叙别赋诗八章，时德州卢尔德水东莱崔道母及冯五十跻仲俱集》（八首）为例，来看看凌凤翔刻本（钱仲联整理本与此同）、周法高《足本钱曾牧斋诗注》本（即傅斯年图书馆藏“原注补钞”本）、何义门藏旧钞本三个本子对这组诗的注释条目，以便比较。如图：