显然，王云五建议修改“台湾省戒严令”，限制“警备司令部”滥用职权，与沈志明夫妇被捕一案有关。但是，在国民党决意强化对台湾实施军事专制统治的年代里，王云五的这种要求是起不了多大作用的。他提出的修改“戒严令”建议案，于3年后才交付有关部门“研究”。6月上旬，拖延了几个月的沈志明夫妇案在海外舆论压力下，终于被宣判无罪。王云五刚松了一口气，香港《自由人》于同年9月停刊。作为自由人社的发起人，王云五又不免感慨唏嘘。此波尚未平息，新一轮冲击波又压将过来。1960年4月，原“自由人”雷震(儆寰)被捕。雷震是《自由中国》半月刊发行人，以涉嫌“叛乱”为名，被台湾“警备司令部”逮捕，同时被捕的有傅正、马之●、刘子英。此案引起的震动，比沈志明夫妇被捕案要大得多。《自由中国》创办于1949年11月，胡适在创办阶段为该刊发行人。50年代初起，“自由人”雷震任该刊发行人。《自由中国》时常对台湾政坛黑幕及腐败现象予以广泛批评，引起台湾当局的仇视。1957年7月起，《自由中国》连续发表多篇文章，批评台湾当局渲染“反攻”太不自量力，鼓吹连自己也不相信的所谓“反攻”，目的是借宣传“反攻”行专制统治之实。1959年，《自由中国》又刊文，认为蒋介石要连任三届“总统”，没有任何法律依据，这就使国民党当局和蒋介石都陷于很尴尬的境地。台湾当局于1959年春便有意采取行动，处置雷震和《自由中国》。3月28日晚间，雷震偕胡适来到王云五家中，商量如何摆脱险境，王云五建议胡适致函《自由中国》，以劝告的语气，表面批评几句，化解险情。王云五认为，有胡适这样的“名人”出面充当调人，国民党当局或许不敢采取过激举措。胡适答应写一封“劝告信”，但他后来写的“劝告信”，言语含蓄，矛头暗中指向当局的专制。第二天，王云五致函张群并请转呈蒋介石，强调在处理《自由中国》言论上要从长计议，切勿贸然行动，要注意“投鼠忌器”。经过王云五和胡适分头活动，雷震和《自由中国》总算躲过了1959年春的灾难。但是，台湾当局对《自由中国》杂志社仍然放心不下，终于在1960年9月4日借故由台湾“警备司令部”出面逮捕了雷震等4人。雷震等人被捕后，台湾社会上有一种意见，认为军事机关无权审判雷震等人，此案应移交普通法院审判。王云五也支持这种观点。王云五经数日研究，致函“行政院”院长陈诚和“总统府”秘书长张群，大量引述法律条文，力主将雷震案移归普通法院审理。在进行法律方面的辨析后，王云五在信中写道：
　　复查警戒地域内之严重情形既有逊于接战地域，在法意上似不至排除戒严法第八条规定，军事机关得自行审判或交法庭审判之抉择权，盖法院为正常之审判机关，军法机关则为特殊之审判机关。设使特殊审判机关行使其法定之抉择权，以得自行审判之案件改交法院，即正常审判机关执行审判，于法理亦无不合。
　　如果把雷震案交普通法庭审判，案情和审判过程将无法保密，判决结果也不易控制，很可能在台湾社会引发骚动，这是国民党当局决不愿看到的。因此，陈诚对王云五信函不表态；张群则表示“原则甚赞成，尚有某一问题待解决”，其实他并不支持王云五的观点。10月8日，雷震案经军事法庭审判，以不告发“匪谍”、作“有利于叛徒之宣传”等莫须有罪名，判处雷震10年徒刑，同案人刘子英被判刑12年、马之●被判刑5年。消息传出，海内外舆论哗然，台湾当局的独裁行径受到强烈批评。
　　在上述一些问题上，王云五的观点与国民党最高当局的政策有较大的分歧，他的意见一再被否决，这也是王云五从1960年起就想退出政坛的重要原因。
　　王云五辞去“行政院”的职务之后，虽然仍虚挂着“资政”的头衔，常托故不参加有关的咨询会议。1972年5月6日，他致函张群，以“久病未愈”为托词，请辞“总统府外交综合组”副召集人的虚职，并表示今后不再参加讨论。对于一届“国大”第五、六次会议，他也虚与委蛇，一般讨论不参加，仅在关键时刻受当局力邀，才出面主持。1972年3月21日第五次“国大”举行“总统”选举会议，由王云五任大会主席，蒋介石以“全票”当选“第五届总统”。1978年3月21日王云五应邀主持第六次“国大”的“总统”选举，蒋经国当选。“总统”选举前后的许多会议，王云五大多不参加。他本人对于“国民大会”追述的文章，只写到1966年一届四次会议，对此后两次会议，他极少提及。他对此的热情已完全消失了。