但是，真正的改革还没有开始，他便受到了“立法委员”们的警告。据他自述，就新职第二天下午便举行茶话会，听取“立法委员”的意见，“其中有段委员剑岷，在发言中有希望王副院长不要好高骛远一语，揣其意殆指余前任财政部时所执行的币制改革。此事之成败，余不欲置辩，然无论如何段氏总是盼望政府遇事审慎”。 名义上，王云五主持改革，实际上，他的职权是很有限的。例如，王云五起草的“统一财经决策机构并与行政业务划分案”获得通过。该案规定，“行政院财经委员会主任委员由行政院副院长兼任”，委员为“经济”、“财政”、“交通”、“国防”、“外交”五部长，“中央银行”总裁，“行政院”主计长，若干名专家和不管部会的政务委员。“财经会”的职能是代表“行政院”从事财经决策，审议财政预算、经济发展、外汇金融、美援运用等事项。从“财经会”的成员组成和职能看，作为主任委员的王云五理应有相当大的权力，但实际情况并不如此。王云五认为，“美援运用委员会”、“外汇贸易审议委员会”、“经济安定委员会”三个机构的人数达640余人，而且待遇高出同级公务员5倍半以上，决心改变这种高薪养冗员的积弊，提出这三个机构合并为一，只需150名工作人员。这一提议获“财经会”通过后，“行政院”院长陈诚不同意裁撤“美援会”。改革财经机构的第一炮便没打响。在若干无关紧要的问题上，王云五的意见被部分采纳。例如，他认为，政府部门对工矿企业的管制范围过宽，应有所限制，以使企业有一定的自主权；军事征用法规应限制在金门及周围地区，不必广泛运用于台湾地区；禁止民间建筑的地区要缩小，以利民生和工商业的发展；服兵役年龄从20岁起改为19岁起，以缓解兵源不足的矛盾；预备军官训练期由18个月改为1年零2个月。他的这些提议，先后被采纳。但是，在预算问题上，王云五就显然无能为力。那时台湾财政预算的80%用于军费，而且时常有军费追加案，军费过巨，非但使财政收入无法平衡，而且使许多改革案根本无法推行。1958年9月，“行政院”成立预算小组，王云五为召集人，小组成员为“财政部”部长、“台湾省财政厅”厅长、“行政院”秘书长和主计长，以及不管部会的政务委员。该小组时常审议各种预算追加案，“其中追加案件其数量较多与数额最巨者，大都属于国防方面。”讨论军费追加案时，凡是主计处已签注意见的，大抵很快通过。军费压倒一切，财政预算自然就无法把握。王云五对此无可奈何，时常采取听之任之的态度。但陈诚对此颇为恼怒，以致发展到不想再做“行政院”院长的地步。
　　1960年2月25日的“行政院”院务会议上，陈诚对“国防部”申请大量水泥的一份报告很不满意，认为“国防部”一再追加军费，这次提出增拨水泥的数量又大大超出实际需要，“行政院”预算小组却照批不误，再拿到院务会议上通知一下，还要他这个院长干什么！其时，台湾一届三次“国大”正在召开，新一轮“总统”选举正在酝酿之中，因此陈诚在院务会议上怒气冲冲地说：“政院在新一轮总统就职后，必须立即改组。政院如此局面，目前也捱不下去了。本人决计提前辞职，想必在坐各位未必恋栈。”众人面面相觑，噤若寒蝉，唯独王云五起立发言：“本人向来不恋栈，但今日从大局出发，倒主张恋栈。”此言一出，余井塘等人附和之。陈诚压下火气，勉强一笑，表示暂时不提出辞职。陈诚发脾气，直接原因是受了追加军费案的刺激，深层原因是“总统”在上发号施令，“国防部”恃宠骄横，“行政院”副院长处理院务又时常先斩后奏，他上下左右都受牵制，平时做一天和尚撞一天钟，得过且过，心中则勉强隐退，不以为然。陈诚在家里挂起“忍”字条幅，作为座右铭，可见他有时遇事退让，并不是为官糊涂，其实是不甘心做有职无权的高官。国民党政府实行五院制，每院设正、副院长各一名，院务权力通常掌握在正职手中，副职只是协助办事。王云五于1947年在南京任行政院副院长，1954年至1958年在台湾任“考试院”副院长，因为系副职，平时“均不处理公文”。但他从1958年7月调任“行政院”副院长，负有为“总统”实施行政改革方案的重任，权力旁涉“行政院”所属各部委。所以，陈诚同他合作之始，便借口“平时不愿多看公文”，把许多原应由院长审核的公文交给王云五处理。王云五办事向来较为认真，事无巨细均一一过问、把关，使陈诚产生大权旁落的感觉，不免涌动怨愤之情--一个身经百战、功绩显赫的重臣，居然受制于一个靠耍嘴皮子、玩笔杆子的政治“暴发户”，他怎能咽得下这口气。陈诚就“国防部”增拨水泥案发火之后，拒绝去“立法院”面受质询。此后，凡遇疑难问题，或要他说明与其本意相违的议案，陈诚时常借故不出席“立法院”会议，让王云五去“立法院”和稀泥。在陈诚闹脾气的第二天，王云五代替他出席“立法院”会议，面对“立法委员”们关于军费过巨的质询，王云五只能讲些冠冕堂皇的理由，再叹叹苦经，求取质询者的谅解。其实，王云五本人一直认为台湾军费开支过巨，多次建议蒋介石裁减军费，但他代表“行政院”接受“立法委员”质询，又只能违心地为军方辩解。他对陈诚推卸责任，屡屡让他出面做难人，也有微词。