准备工作完成后，即进入正式的编校环节。编校工作的一个重点，是核校《唐五代诗全编》每一首文本的底本文献和《全唐诗》：这正是基于对陈老师处理文本原则的充分理解之上的决定。因为陈老师特别注重的是“让唐诗回到唐朝”，即尽量表达出唐诗的本来面貌，所以他严格按照上文所提到的九个层次，梳理出最能反映一首诗原初状态的文献作为底本。核清底本文献，能使“唐诗回到唐朝”的“原貌”更准确无误。他也重视唐诗在传写中的流变过程，所以《全唐诗》作为大部分诗歌传写流变的终点也具有特殊的意义。虽然，在之前已经做了很充分的编辑准备工作，但在处理细节上，依旧有很多因为知识储备不足、或对体例了解不充分而造成的困惑。如经常用到的大型总集文献《文苑英华》，编辑在刚刚入手核校之时往往只用中华书局影印的明刻配宋本，在核对明刻本部分时，往往出现文本甚至作者对不上的情况，刚开始以为可能是作者一时之误，编辑提出不少疑问。但此类情况又太多，不像是作者的问题。经过一番仔细的追查、思考与询问后，才知道陈尚君先生使用《文苑英华》文本的情况比我们想象得复杂很多，他使用了傅增湘先生的《文苑英华校记》、台北存宋本十卷来校正明刻本的错误，后来又发现了国图藏明抄本的公布，但彼时全书初稿已经定稿，未能通校，但也尽量使用。所以，《全编》使用的《文苑英华》版本是一个复合的、陈尚君老师自己处理过、努力去回复宋本原貌的《文苑英华》。在摸清了规律后，无疑核校的工作量又一次加大了：编辑在核对无今存宋本《文苑英华》部分的时候，要兼核影印明本《文苑英华》、傅增湘《文苑英华校记》和国图网站的明抄本《文苑英华》三种版本，之后才确定是否有问题，再提出疑问，由陈尚君先生决断。其余如唱和诗之间有与底本不一的拟题情况，多版本总集类书文献的使用（除上述《文苑英华》外，尚有《初学记》等），明清大型的唐诗丛集的使用等，陈尚君老师往往都有比较特殊的使用细节，这些细节体现了陈尚君先生研治唐诗四十年的积累与思考，也对编辑的学术水平、理解能力是一个不小的考验。面对这些情况，编辑们又只能边核校边理解，理解后再重新核校，几乎每个编辑都经历了迷茫不解、重新认知到豁然开朗的过程。所以，关于改动，编辑团队是慎之又慎，在原稿上大到诗歌次序的替换、重复的删除，小到异体字的统一，几乎都是一一与陈先生确认后才进行，有时为了一个问题要经历编辑之间互相争论，再与陈尚君先生往复数次的情况，所以整个项目的审次、校次也超过了出版社一般“三审三校”的流程。编辑团队、校对团队、编审团队对这部书都倾注了超乎平常的心血，他们希望自己作为《全编》出版团队的一员，能够不负这部陈尚君先生付出四十余年的巨著，也不负上海古籍出版社前辈们的学术眼光与信任。